2018 海口「遗传标记开发、基因分型、分子育种数据分析理论与实操」培训通知

作者:   2018-04-04
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  • 会议时间: 2018-01-19至 2018-01-23
  • 会议地点: 海口市
  • 电话:17600011681
  • 传真:暂无
  • 联系人:陈雪
  • Email: 1092713056@qq.com,zky_hwz@vip.163.com
  • 联系地址:北京
  • 会议网址:

各有关单位:
随着分子生物学技术和生物信息学的发展,遗传标记的开发应用领域越来越广泛,其中基于基因分型技术、分子育种数据分析的研究已成为生物分类学研究中引人注目的新方向和研究热点。遗传标记开发、基因分型、分子育种、数据分析技术的出现极大地增强人类监测、了解和利用生物多样性资源的能力,其在生命科学、法医学、流行病学,以及医药、食品质量控制等领域均具有广泛的应用前景。应广大行业工作者的要求,北京中科云畅应用技术研究院与中科院北京基因组研究所基因组学与信息重点实验室联合举办「遗传标记开发、基因分型、分子育种、数据分析理论与实操高级培训班,由北京中科润开生物科技有限公司具体承办。培训班采用理论和实践相结合的教学形式,使学员在短时间内对研究中涉及的知识和方法得到进一步地提高,同时学员与授课专家进行现场交流与咨询,探讨学员在平时工作、研究中的瓶颈问题。与同行交流以拓宽自己的研究思路,具体事宜通知如下
一、培训目标及特点:
本培训遗传标记的开发,基因分型,分子育种数据分析与理论为主题,精心设计了具有前沿性,实用性和针对性强的理论课程和上机课程。培训邀请的主讲人均是有理论和实际研究经验的人员。学员通过与专家直接交流,能够分享到这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计的思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路,在研究技术方面领悟更多。 

二、培训对象:
大中专院校生物信息、生物计算、生命科学、医学、化学、农学、计算机科学、数学类专业的课程负责人、一线教师、教研室骨干人员、教学管理人员;科研单位从事生物、生命科学、微生物研究的相关人员;生物、医药、化学及相关企业的领导与技术骨干。

三、时间地点:         2018 年 1 月 19 日——1 月 23 日    海南. 海口      
(时间安排:第 1 天报到,授课 4 天)   

四、培训内容:
一.DNA 测序技术 (视频教学)
第二代测序技术:Illumina,454, Ion Torrent 原理
第三代测序技术:PacBio, Hellicos 原理
第四代测序技术: Oxford NanoPore 原理
Hybridization based methods
测序技术的比较及展望

二.Sequence-independent 分子标记的开发及应用 (经典方法回顾)
RFLP, RAPD, SSR, SSCP, CAPS, SCAR, AFLP, IRAP, REMAP

三. 单基因分子标记开发及应用
常用的 DNA 条形码标记:
16S,ITS,ITS1,ITS2,trnH-psbA,rbcL-matK,COI 等
常用 DNA 条形码鉴定方法:
equence similarity-based(Blast, Hidden Markov Model),
tree-based,cutoff-based
筛选最优 DNA 条形码指标
CR amplification success,Sequencing efficiency,Species distinguishing power,DNA        barcoding gap
DNA barcoding 相关数据库
OLD: Barcode of Life Database  BOMMD: Barcode of Medicinal Materials Database

四. 基于全基因组序列的新的分子标记的发现
a)(真菌、动物)线粒体基因组
i. 组装方法:de novo vs. reference based
ii 注释流程: MFAnnotator vs. FUMGA
iii 特异性标记筛选
)(植物)叶绿体基因组
i 组装方法:de novo vs. reference based
ii 注释流程:CPGAVAS vs. DOGMA
iii 特异性标记筛选

五.SSR、SNP、Indel 序列的发现物理图(physical map)构建新方法:原理及应用
a)SSR 发现及批量引物设计    b)SNP 发现 c)Indel 发现
a)Optical Mapping                  b)Bionano

六. 基于 NGS 的基因型分型、遗传图谱构建和关联分析(NGS-based genotyping,genetic map      construction,genome-wide associationstudy)
a)reduced-representation sequencing using reduced-representation libraries (RRLs)
)omplexity reduction of polymorphic sequences (CRoPS),
c)Restriction-site associated DNA sequencing(RAD-Seq)
a) 全基因组关联分析(GWAS)

七. 物理图谱(physical map)构建方法:原理及应用
a)  Optical  mapping     b)  Bionano

八. 高通量表型分型 (High-througput phenotyping)
a) Remote sensing and imaging techniques
) High-performance data recording and computing:Automated greenhouse systems,      Phenoscope, RootReader, LemnaTec Scanalyzer 3D, HTPheno.
c) Intergrated analysis

九. 荟萃分析(Meta-analysis)
a)QTL meta-analysis
)Genomic and phenotypic databases for rice and wheat.

十.   实操部分
DNA/protein 序列分析(Linux,EMBOSS,formatdb,blast,extractseq,distmat,NGS 序列处 理(FastaQC,samtools, bowtie, IGV,ecoprime,STACKS,PLINK,GAPIT 等) 
常用编程语言快速入门 (per 语言, R 语言, python 语言)

五、主讲专家:主讲专家来自中科院等科研机构的高级专家,拥有丰富的科研及工程技术经验,长期从事生物信息领域项目研究,具有资深的技术底蕴和专业背景。

六、报名办法及费用:  每人¥3900 元(含报名费、培训费、资料费、考试费、证书费),食宿可统一安排,费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训,各单位也可直接报名参加。

七、联系方式:   联系电话/传真: 010-5803 2788     陈雪:17600011681
报名邮箱:zky_hwz@vip.163.com

编辑: 潘文娟    来源:丁香园

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