宏基因组与宏转录组数据分析高通量培训班(北京)

作者:   2018-12-29
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  • 会议时间: 2019-01-10至 2019-01-13
  • 会议地点: 北京
  • 电话:17610265591
  • 传真:暂无
  • 联系人:薛炎
  • Email: zkcc_bis@vip.163.com
  • 联系地址:
  • 会议网址:

时间地点:2019年1月10日——1月13日(北京)

报名电话:010-- 5947 9271

联系人:薛炎 176 1026 5591

邮箱: zkcc_bis@vip.163.com

主办方:中科成创(北京)生物技术有限公司

如有需要红头文件请电话联系我!

理论内容:

一、宏基因组学

1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法

1.1. 测序平台、引物设计及区域选择不同测序平台、针对细菌、真菌不同微生物实验设计

1.2. 测序量及采样建议针对水体、粪便、土壤、物体表面、口腔等不同生境

1.3. 分析流程图数据收集、数据预处理、数据分析

1.4. 结果解析

1.4.1 OTU聚类

1.4.2 物种注释

1.4.3 物种分布情况

1.4.4 样品复杂度分析:α多样性CoverageChao指数ACE指数Shannon曲线Richness rarefaction曲线

1.4.5 多样品比较分析:β多样性样品间物种丰度热图排序分析:PCA分析PCoA分析NMDS分析Unifrac分析样品聚类分析

2. DSS (direct shotgun sequencing)法

2.1. 分析流程

2.2. 功能注释分析

2.3. 代谢途径解析

二、宏转录组学

1 介绍

2 物种组成、功能及代谢途径分析宏基因组优势菌分析

1.泛基因组分析

2.宏基因组中的优势菌株单基因组分析

上机实习:

一、宏基因组中的优势菌株单基因组常规分析流程

1.原始数据评估 (fastqc)

2 基因组拼接、画图(CGview等)

3 功能注释 (KEGG、CARD、Resfinder等)

4 进化树分析 (MEGA、evolview)

5 多菌株泛基因组分析 (PanGP)

二、宏基因组学(16S部分)介绍以及上机操作

1.Virtual box 及Qiime

2 安装

2.Linux基础知识介绍

3.Qiime

2:数据处理, 质控, 生成feature, 进化树构建, 多样性分析, 差异分析, 物种注释

三、R语言基础及宏基因组相关统计分析

1.常用基本命令变量赋值文件读写常用的统计函数

2.差异OTU及差异菌群分析wilcox检验

3.相关性检验差异OTU与样本临床信息相关性检验

4.alpha多样性

5.beta多样性

6.PCoA7.机器学习逻辑回归随机森林svm

报名办法及费用:

每人¥3900元(含报名费、培训费、资料费、证书费)

报名优惠:12月16日之前成功报名汇款享受报名费95折优惠。

团队报名:4+1优惠。(5位其中1位免除费用)

食宿可统一安排,费用自理。

各单位人员报名参加,报名回执表请回传至会务处即可。

如单位有内训需求,请将内训方案传至会务组,根据单位需求安排相应专家进行

编辑: 会议君   

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