第十二期基于TCGA及SEER等癌症公共数据库的信息挖掘会议

作者:   2018-12-29
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  • 会议时间: 2019-01-25至 2019-01-27
  • 会议地点: 北京
  • 电话:15838346159
  • 传真:暂无
  • 联系人:武桐
  • Email: szkxwyt@126.com
  • 联系地址:
  • 会议网址:

各事业单位:身处大数据时代,对于从事肿瘤研究的临床医生或基础科研人员,有没有一种可以既不做实验又不查病史,直接调用公共数据撰写发表SCI论文的方法呢?TCGA和SEER等癌症公共数据库即提供了这样一种可能。TCGA和SEER分别侧重于组学数据和临床数据,各有优势。

TCGA(癌症基因组图谱)数据库是一个多组学的数据库,包括常见癌症的基因组、转录组、蛋白组、表观遗传组数据和与其关联的临床数据,为挖掘有意义的组学变化和发现肿瘤发生、发展、转移等生物学机制提供了海量数据。美国的SEER(癌症监测、流行病学和结果)数据库则是典型的临床医学数据库,是北美最具代表性的大型肿瘤登记注册数据库之一,收集了各个癌种的海量临床病理信息和预后数据,并向全世界免费开放,为临床医师的循证实践及临床研究提供了宝贵的第一手资料。

据不完全统计,全世界基于TCGA和SEER数据挖掘产生的文章已经超过2000篇,其中不乏最顶尖的学术期刊文章(如JAMA、新英格兰、Nature、Cell等),这一数目还在不断增长中。

以往的TCGA课程往往侧重于R语言程序的讲解,不少学员反应难以掌握。本课程立足应用和实战,宗旨是“临床医生听得懂、学得会,科研人员亦有收获”。

本课程将从临床应用视角介绍癌症公共数据库TCGA、SEER的基本情况、数据库结构、数据获取方式及基本统计方法等,深度解析近年讲课人发表的基于TCGA和SEER数据挖掘的经典案例,重点对癌症公共数据库的数据挖掘和课题设计进行讨论,最后也将探讨在此基础上的基金申请、SCI论文撰写策略。

学习目标:

本次培训提供了一次系统掌握TCGA和SEER等癌症公共数据库数据结构、挖掘方法及分析流程的机会,目的在于助力有志于利用这些公共数据库的临床医生以及转化研究的科研人员,帮助研究者去更好地挖掘利用这些免费的公共数据。本次培训不侧重于深入的生物信息学分析讲授,拟解决的问题包括:

1、如何基于TCGA及SEER等癌症公共数据库设计课题;

2、TCGA及SEER数据库的数据下载;

3、获取数据后如何分析;

4、如何在此基础上撰写SCI论文及申请科研基金。

主讲专家:

本次主讲老师是来自国内知名三甲医院肿瘤专业的临床医生和科研工作者,有着丰富的临床和转化研究经验。以一作和通讯作者发表SCI论文26篇,10分以上论文4篇,累计影响因子176。其中成功用TCGA、SEER数据库发表十几篇SCI,平均影响因子4.6分一篇。目前主持国家自然科学基金面上项目及多项省部级人才项目,担任一本SCI杂志的Section editor,以及多本影响因子5分以上SCI杂志审稿人。

报名方式:请各单位接此通知后,尽快确定参会人员,认真填写报名回执并传真至:0371-86073066或发E-mail至: szkxwyt@126.com   ,会务组收到回执后将通知相关报到事宜。

联系方式:

电  话/传真:0371-86073066                 QQ:821087538联系人:

武桐 158-383-46159(同微信)              E_mail:szkxwyt@126.com

附件二:课程大纲题 目内 容

第一天上午:TCGA数据库入门

1.? 什么是TCGA?TCGA数据库基本概念介绍(数据类型、数据级别及barcode)

2.? 哪里获取TCGA数据?(实战)TCGA数据获取方法(下载单样本数据与汇总数据表)

3.? 如何利用TCGA数据撰写论文?结合讲者发文案例,进行基于TCGA数据库发表文章的深度解析

第一天下午:SEER数据库入门

1. 什么是SEER?SEER数据库基本概念介绍(数据构成、变量类型)

2. 哪里获取SEER数据?(实战)SEER软件安装、权限申请及数据获取3.? 如何利用SEER数据撰写论文?结合讲者发文案例,进行基于SEER数据库发表文章的深度解析

第二天上午:TCGA和SEER数据深度挖掘

1. 如何深度挖掘公共数据库并进行临床转化课题设计二代测序与肿瘤靶标鉴定思路

2.?实战:利用Excel、SPSS、Graphpad进行基于TCGA数据挖掘

a) 如何实现TCGA原始数据的整理

b) 如何使用Excel进行不同数据表的拼接

c) 如何在整理数据表基础上进行统计分析和作图3.?

实战:利用R程序进行TCGA和SEER数据挖掘

a) R语言基础知识b) 如何利用R程序实现单个样本文件的拼接和计算

c) 如何利用R程序进行图形制作

d) 如何利用R程序制作nomogram

第二天下午:论文标书撰写与实用统计方法

1. SCI论文撰写技巧

a) SCI论文框架与写作思路

b) SCI论文图表制作技巧

c) 如何撰写Cover Letter并在修回时与审稿人有效沟通

2.?实用科研统计方法实战以GraphPad和SPSS软件使用为例,介绍:

a) 直方图、散点图、折线图、生存曲线、热图等常用统计图形制作

b) t检验、ANOVA、卡方检验、单因素及多因素生存分析

3.?医学基金标书撰写技巧结合国自然面上项目成功中标实例和评审经验成为医务人员晋升和研究生毕业求职的主要考核指标。

编辑: 会议君   

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