实用微生物组学信息分析精品班(北京3月21日)

作者:   2018-12-29
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  • 会议时间: 2019-03-21至 2019-03-24
  • 会议地点: 北京
  • 电话:18618295767
  • 传真:暂无
  • 联系人:张老师
  • Email: bcc_peixun@163.com
  • 联系地址:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
  • 会议网址:

为帮助各领域广大科研人员解决从方案设计、数据解读、图表绘制、数据挖掘和文章设计各环节中遇到的问题。北京市计算中心特聘请XX一线项目经验丰富的科研人员精心组织了本次培训课程,为保证听课质量和教学质量,本研讨班采用小班授课方式。课程内容针对性极强、上机实践比重更达到70%,整套课程教学目的明确,从微生物组学实验方案的宏观到细节再到注意事项的讲解,为项目能产出更有效的测序数据打下坚实的基础,上机实践课程贯穿从测序数据下机后质量评估、物种注释到数据分析和结果呈现整个流程。诚邀各领域广大科研工作者和高校教师及研究生报名参加!

主办单位:中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会

承办单位:北京市计算中心

培训地点:北京海淀区丰贤中路7号3号楼,北京市计算中心三层会议室

培训时间:2019年3.21-24日(报名中)上午:9:30 - 12:00 下午:1:30 – 5:00

主讲老师:

王金锋:

博士,副研究员,硕士生导师。2004年毕业于沈阳师范大学生物系。2007年毕业于南京师范大学生命科学学院,获硕士学位。2010年毕业于中国科学院海洋研究所,获理学博士学位。2011年起进入中国科学院北京生命科学研究院计算基因组学研究组参加工作,任助理研究员,主要从事微生物组学和生物信息学方向的研究。

2016年起任副研究员,中国科学院大学硕士生导师。迄今已在Gut,Nature Communications,Genome Biology和Environmental Microbiology等杂志上发表第一(或共同第一)作者和通讯作者论文10余篇,累计被引用400余次,合作发表论文20余篇。

?作为项目负责人主持了国家自然科学基金项目(青年项目和面上项目),国家重点研发计划生物安全项目子课题、中国科学院重点部署项目微生物组计划子课题、技术创新项目等,并作为项目骨干参与了国家自然科学基金重大研究计划等多项课题。《Frontiers of Environmental Science and Engineering》、《AIMS Microbiology》、《Genomics, Proteomics& Bioinformatics》、《BioMed Research International》和《遗传》等杂志审稿人。

研究领域:1.微生物互作与菌群塑造。2.人体微生物组与健康。

史文聿 :

博士,助理研究员。2010年于中央民族大学获得统计学学士学位,2017年于中国科学院北京生命科学研究院获得遗传学博士学位,目前就职于中科院微生物所微生物资源与大数据中心,研究工作包括生物信息学算法开发,生物信息(宏基因组学、比较基因组学)数据挖掘,生物信息大数据平台构建,有丰富的生物信息数据处理经验,于Nucleic Acids Res、Gut等国际学术刊物上发表过第一作者生物信息学算法和微生物组数据挖掘论文。有数理统计背景,在人工智能算法、大数据数据挖掘方法上亦有工作经验。于中国科学院大学、中国科学院微生物研究所等地教授过生物信息相关课程,有丰富的授课经验。

Shi, W., Ji, P., & Zhao, F.(2016). Thecombination of direct and paired link graphs can boost repetitivegenomeassembly. Nucleic Acids Research, 45(6), e43-e43.

Wang, J.,^ Zheng, J.,^ Shi, W.,^et al.(2018). Dysbiosis of maternal and neonatal microbiota associatedwithgestational diabetes mellitus. Gut, doi:10.1136/ gutjnl-2018-315988

日期

上课时间

授课题目

授课内容

第一天

9:30-12:00

微生物组学研究概论及进展

1、微生物组研究的发展历史

2、微生物测序分析技术及实验技术原理

3、研究热点分享

13:30-17:00

经典案例分享和方案设计与文章架构设计

1、微生物组学经典文章回顾,未来微生物组学发展方向

2、已发表各类精品文章的经验总结:包括经典项目总体设计思路、遇到的困难及解决方案

3、文章写作经验分享,包括文章架构设计、语言风格、结果呈现等写作技巧

第二天

9:30-12:00

Linux基础操作

1、Linux常用命令使用和上机操作

2、Linux环境下软件安装

16s测序分析结果解读

1、OUT分析

2、物种分类与丰度分析

3、Alpha多样性分析

4、Beta多样性分析

5、显著性差异分析

13:30-17:00

16s数据分析

(上机)

1、质控与数据拼接

2、OTU聚类

3、物种注释

4、统计分析:(1)α多样性分析;(2)β多样性分析;(3)群落结构及丰度分析;(4)进化分析;(5)差异分析(Lefse);(6)功能分析(picrust)。

第三天

9:30-12:00

宏基因组测序分析结果解读

1、物种注释分析

2、差异物种分析

3、差异基因分析

4、功能注释分析

5、MGS分析

13:30-17:00

宏基因组数据分析(上机)

1、质控

2、拼接组装

3、聚类Binning:TETRA;  MetaCluster; Phymm等

4、基因注释:FragGeneScan;MetaGeneMark;MetaGeneAnnotator等

5、功能注释:RAMMCAP;Blast等

6、统计分析:(1)物种分析;(2)功能分析;(3)差异分析;(4)比较分析

第四天

9:30-12:00

R的数据处理功能及统计应用

1、R的安装、运行与使用

2、R语法介绍(R基本符号)

3、R数据处理,对R语言中常用的数据结构包括向量,数组,矩阵,列表,数据框等的介绍、使用方法及使用范围

13:30-17:00

R绘图功能在微生物组学信息分析中的应用

1、基础绘图工具(绘图函数、参数、画图面板分割及图形的保存)

2、微生物组学数据结果制作案例实际操作

 

(课程内容以实际授课为准)

注:参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》,通过审稿的论文将会优先发表。

【讲师团队】

邀请中科院、北大、军科院和北京市计算中心一线工作经验丰富的老师主讲。

【报名费用】培训费:5200元/人(材料费、上机费、午餐费,请自带笔记本电脑以备上机实践使用) 材料:《高通量测序与高性能计算理论和实践》北京科学技术出版社。

附近最近酒店为:如家酒店(永丰店),可自行网上预定,费用自理。

【报名优惠政策】

1、3.6前报名成功并缴费每人可优惠300元

2、3人以上团体报名每人可减少300元;

3、4+1团报,可免费赠送一个名额;

老学员参加及老学员推荐参加的学员均可额外优惠200元。

培训座位按收到报名表先后顺序安排。

编辑: 会议君   

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