2019高通量基因组转录组后期数据分析实训班

作者:   2019-06-03
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  • 会议时间: 2019-07-10至 2019-07-14
  • 会议地点: 合肥市
  • 电话:176 1026 5591
  • 传真:暂无
  • 联系人:薛炎
  • Email: zkcc_bis@vip.163.com
  • 联系地址:
  • 会议网址:

主办单位:中科成创(北京)生物技术有限公司

时间地点:2019年7月10日—7月14日   安徽合肥(时间安排:第1天报到,授课4天)

培训内容

序列的比对

1、全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer

2、局部比对  Blast, Sim4,Genewise

3、序列比对算法分析

基因组/基因注释分析

1、新一代测序技术原理和数据处理介绍

2、基因组拼接与组装基因组de novo组装方法重复序列分析技术

3、 RNA分析tRNA,rRNA,microRNA,snoRNARNA干扰,SiRNA预测技术

4、基因预测原核:Glimmer,真核:Genescan, Augustus

5、 基因功能注释及常用的数据库介绍

全基因组重测序分析介绍及上机实战

1、Linux操作系统简介

2、常用Linux命令的介绍和实战

3、全基因组测序分析流程简介

4、高通量测序数据的常见格式(fasta、fastq、sam、bam、vcf、bed)

5、全基因组测序数据常用分析软件速览(bwa、samtools、GATK、bcftools、circos)

6、dbSNP数据库简介

7、数据质量评估、质量控制

8、mapping到参考基因组

9、sam文件的操作(convert to bam、sort、rmdup、index)

10、定位indel

11、Variant Calling

DNA测序技术-转录组分析的进化

1、第一代测序技术:Sanger测序原理

2、第二代测序技术:Illumina,454, Ion Torrent原理

3、第三代测序技术:PacBio, Hellicos原理

4、第四代测序技术:Oxford NanoPore原理

5、其他技术Hybridization based methods (NabSys)

Experimental   procedure for transcriptomic analysis

Introduction

Number of duplications

Sequencing coverage

Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)

Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)

IsoSeq Experimental design

Data analysis  (part 1):data pre-processing

evaluation of data quality 数据分析

Data format,fasta,fastq,quality value,gff3 Data cleanup

Quality filter, trimmer, clipper Data analysis (part 2):reference free analyses(无参转录组分析)

Gene discovery

Trinity de novo transcriptome assembly

Analysis of Differential Expressed Gene (DEGs)

Abundance estimation using RSEM

Differential expression analysis using EdgeR

Explore the results (cummerbund)

MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR)

hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.

使用R语言进行生物信息学相关的分析使用R语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。生物信息学专业图KEGG、GO等的绘制方法与运用R语言进行实现基因组可视化软件circos的使用 使用circos绘制基因组圈图生物信息学专业常用工具及绘图方法应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换;学BioEdit、WeGO等常用生物学专业软件的图表及格式转换

报名办法及费用:  每人¥4380元(含报名费、培训费、资料费、证书费)

团队报名:4+1优惠。(5位其中1位免除费用)

所报名参加学员赠送一个8G U盘(内含上课所有使用软件与课件资料)食宿可统一安排,费用自理。各单位人员报名参加,报名回执表请回传至会务处即可。

如单位有内训需求,请将内训方案传至会务组,根据单位需求安排相应专家进行授课

联系方式

联系人:薛炎176 1026 5591

报名邮箱:zkcc_BIS@vip.163.com

编辑: 会议君   

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