课程大纲具体如下：
一、微生物基因组
1、微生物基因组和转录组学研究
1.1、微生物基因组研究的意义
1.2、微生物基因组研究概况
1.3、微生物基因组的特点
1.4、微生物转录组学研究
2、微生物基因组常用软件介绍
2.1 微生物基因组在线圈图分析
2.2 代谢通路分析（KEGG & KAAS）
2.3 病原菌耐药基因鉴定（CARD & Resfinder）
2.4 细菌基因组岛鉴定 （Islandviewer）
二、Linux系统操作简介
2.1 Linux简史
2.2 Linux与生物信息学
2.3 Linux基本命令
2.4 Linux基本操作综合实践
三、宏基因组学
1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法
1.1. 测序平台、引物设计及区域选择不同测序平台、针对细菌、真菌不同微生物实验设计
1.2. 测序量及采样建议针对水体、粪便、土壤、物体表面、口腔等不同生境
1.3. 分析流程图数据收集、数据预处理、数据分析
1.4. 结果解析
1.4.1 OTU聚类
1.4.2 物种注释
1.4.3 物种分布情况
1.4.4 样品复杂度分析α多样性CoverageChao指数ACE指数Shannon曲线Richness rarefaction曲线1.4.5 多样品比较分析：β多样性样品间物种丰度热图排序分析：PCA分析PCoA分析NMDS分析Unifrac分析样品聚类分析
2. DSS （direct?shotgun?sequencing）法
2.1. 分析流程2.2. 功能注释分析2.3. 代谢途径解析
四、R语言绘图
1.1 R语言基本介绍
1.2 R语言基本运算、向量函数
1.3 R语言数据读入以及导出ggplot2基本绘图 （条形图、散点图、折线图等）
五、宏转录组学
1 宏转录组学介绍
2 宏转录组学定义
3 宏转录组研究方法
4 宏转录组研究内容
5 宏基因组与宏转录组的差别
六、宏基因组学实践应用
1. 笔记本电脑配置要求建议笔记本内存4G以上，64位操作系统
2. 针对16S rDNA amplicon sequencing分析
2.1. 虚拟机安装：Virtual Box
2.2. 16S分析运行环境搭建：QIIME Virtual Machine
2.3. 实例演示及结果展示数据预处理 OTU 聚类物种注释 OTU table生成α多样性分析 序列比对构建进化树 β多样性分析
3. 针对shotgun sequencing分析（只做流程演示讲解）
3.1. 序列质量控制：fastqc
3.2. 序列拼接
3.3. 基因预测及丰度分析
3.4. 物种注释3.4. 功能注释
3.5. MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS等软件介绍
主讲专家来中科院等科研机构的高级专家，拥有丰富的科研及工程技术经验，长期从事生物数据分析与挖掘，基因测序等工作，以第一作者发表Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell, Science Translational Medicine, Cell Res 等杂志40多篇
报名须知：
A 类：RMB:2900 元/人,（包含报名费、培训费、资料费、证书费）食宿可统一安排，费用自理学员，经培训考试合格后可以获得：由北京中科云畅应用技术研究院 颁发的结业证书
B 类：RMB:3200 元/人,（包含报名费、培训费、资料费、证书费）培训结束经考核合格，可获得由中国电子学会颁发全国电子信息人才能力提升工程专业《数据分析工程师》技术证书， 依据人力资源与社会保障部《国家级专业技术人员继续教育基地管理办法》（人社厅发〔2013〕53 号）的要求，本次学习情况，本次学习情况可计入继续教育学时并作为对专业技术人员考核评价、职称评聘、聘用和执业注册的重要依据。须提交电子版彩色照片，身份证复印件。
请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训，各单位也可直接报名参加，报名回执表请邮件发送至会务处。
会务组：
康老师：186 1160 5232（同微信）
Email: zky_im@126.com
