TCGA&GEO生信高通量数据挖掘分析研讨会

作者:   2019-08-27
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  • 会议时间: 2019-09-07至 2019-09-08
  • 会议地点: 武汉市
  • 电话:18803978542
  • 传真:暂无
  • 联系人:聂涵
  • Email: nys627@126.com
  • 联系地址:
  • 会议网址:

培训简介:

癌症是临床医学中非常重要的疾病方向。TCGA数据库中包含了常见了40种癌症方向(含30000个样本)的高通量数据及临床信息。大家对TCGA数据库的使用近几年也在逐渐增加!

主办方:医药加平台

承办方:上海遐永医药科技有限公司

培训时间:2019年9月7-8日,6日可报到(下午3点-晚上9点)

上课时间:上午9:00-12:00,下午1:30-6:00

培训地点:武汉长江大酒店  武汉市硚口区解放大道1131号推荐住宿武汉长江大酒店,348元/间 住宿自理

培训预期:

1、通过两整天培训,掌握TCGA,GEO数据库的使用、下载及高通量数据分析思路和实用操作知识点。

2、可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。

3、课后赠送1小时全场串联视频,用于学员复习。

4、赠送一份最近5年的高价值国自然标书(医药加高价值标书库里面选择)

5、讲师团队赠送TCGA数据库甲基化、基因表达谱整合分析报告和疾病mRNA+lncRNA分析报告

讲师简介:

宋伟博士成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。

课程安排:

周六上午

生物信息介绍

高通量:测序及芯片介绍——多组学:转录组学、基因组学、表观组学、宏基因组学等经典生信SCI文章的思路解读,了解TCGA数据库、GEO数据库及高通量测序数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路

TCGA数据库:最全的癌症高通量数据公共库(简介)

TCGA数据库的产生过程

TCGA官方数据库的介绍和使用(包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据)GEO数据库介绍及使用:高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。

周六下午

TCGA数据库据下载:RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载TCGA数据书库癌症数据的处理,获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。

TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。

获得生存曲线图(KM曲线,分为临床因素和基因表达两种KM曲线)

周日上午

功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析

聚类热图制作

蛋白互作分析(PPI)及网络图构建

网络分析及hub蛋白/基因获得。

周日下午

基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练

编辑: 会议君   

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