高通量数据库挖掘与网络图构建分析研讨会

作者:   2019-09-02
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  • 会议时间: 2019-09-19至 2019-09-20
  • 会议地点: 上海
  • 电话:18803978542
  • 传真:暂无
  • 联系人:聂涵
  • Email: nys627@126.com
  • 联系地址:
  • 会议网址:

生物信息学(bioinformatics)定义:是在大分子方面的概念型的生物学,并且使用了信息学的技术,这包括了从应用数学、计算机科学以及统计学等学科衍生而来各种方法,并以此在大尺度上来理解和组织与生物大分子相关的信息。

培训目的:很多老师都做过测序或者芯片实验,虽然测序公司已经给出了一部分的数据分析,比如过滤、质控、比对、定量和差异等,但是这些分析属于基础傻瓜式的标准分析,并不能完整的讲一个故事!因此,需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力,从海量信息中获得自己想要的关键基因!

培训预期:通过2天的培训,使学员掌握生信文献分析思路和8个实用操作知识点(具体见最后),可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。生物信息学魅力:

帮助预测疾病相关的潜在基因,以及该基因潜在的作用靶点、上游调控转录因子等,从而指导实验方向、缩小试验范围、简化试验流程。

为基金申请提供支持,通过强大的信息数据的收集整理,减少投入增强研究目的性;且通过整合技术优势,指导提高临床诊断水平。

丰富的免费的数据资源和生物软件工具: 数据库:NCBI, EBI, DDBJ, PDB, SWISS-PROT等;软件工具:Cytoscape,BLAST,  R语言,String,  David等

讲师简介:宋伟,交大生物信息学博士,参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。

培训经历:在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有:医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。

培训方向:《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等;

培训时间:2019年9月19-20日,18日可报到(下午3点-晚上8点)

培训地点:上海市徐汇区肇嘉浜路500号 好望角饭店 报到地点:好望角饭店 房间价格:经济大床房398元,标间478元,需通过主办方预定

主办方:上海循掘生物科技中心

课程安排:

第一天上午

测序标准报告的解读

NCBI Gene:最权威的基因综合数据库之一。

NCBI GEO: 数据量最大的高通量公共数据库。

GEO2R工具:在线做差异分析的R工具

bioDBnet:在线基因ID转换工具。

Uniprot: 最权威的蛋白综合数据库之一。

第一天下午

功能富集的原理和意义

基因ID转换

基因功能注释(GO ,KEGG pathway)

基因功能富集(GO ,KEGG pathway)

基因功能聚类(GO ,KEGG pathway)

KEGG 数据库:最权威的通路数据库(pathway map 分析)

HEMI软件:构建聚类热图的本地软件

第二天上午

蛋白互作分析的原理和意义

单个蛋白的蛋白互作分析

多个蛋白的蛋白互作分析

STRING工具的使用步骤:输入、参数设置、输出等

网络图构建

逐个修改节点的属性和修改边的属性

网络展示方式layout更美观

网络统计分析

第二天下午

批量修改节点的属性和修改边的属性

Cytoscape的常用插件:ClusterONE

Cytoscape的常用插件:BinGO

通过该主题的学习,可以学会:

  1. 高通量公共数据的详细信息查找/下载;

  2. 在线做差异表达分析3.在线blast分析

  3. 基因ID转换5.通路map图制作

  4. 功能富集分析

  5. 蛋白互作分析

  6. 网络图的构建和美化。

编辑: 会议君   

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