生物医学公共数据深度挖掘及应用培训班(10月)

作者:   2019-09-24
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  • 会议时间: 2019-10-24至 2019-10-27
  • 会议地点: 北京
  • 电话:18618295767
  • 传真:
  • 联系人:张老师
  • Email: bcc_peixun@163.com
  • 联系地址:北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
  • 会议网址:

还在认为没有实验就不能发表论文?手头有很多数据,不知道该怎么进一步挖掘?还在为不知道如何找靶点而苦恼?还在为不精通挖掘GEO、TCGA等数据库而痛苦不堪?还在为不会那些高大上的图表而暗自伤神?快来参加北京市计算中心举办的生物医学公共数据深度挖掘及应用培训班吧!

本次培训对目前公共数据挖掘热点进行系统介绍,提供一次系统了解TCGA、GEO、SRA、ENCODE等数据库数据产生、分析及挖掘的课程。通过大量演练操作,帮助科研人员利用这些公共数据库挖掘多组学数据,以便为自身科研项目服务。

授课对象:

从事生物医学研究的临床医生、转化研究科研人员;
课题经费不足,无法进行大规模测序,但需要发表SCI论文的相关研究人员;
已获得转录组、基因组等多组学数据,需要进一步挖掘分析人员;
对生物医学大数据分析与挖掘感兴趣的其他人员。

培训效果:

跟踪公共数据挖掘前沿热点,没有课题的时候找到课题;
短、平、快,为基金申请保驾护航,发表paper如虎添翼;
掌握多组学数据分析核心技能,GEO、TCGA、SRA数据处理没有压力;

科研绘图:以一敌百,高端大气,私人订制;

一套数据多角度演练,更易掌握分析思路。

主办单位:北京市计算中心

课程内容:

一、公共数据库挖掘热点介绍

疾病诊断biomarker鉴定、疾病预后biomarker鉴定、可变剪切与预后相关分析、肿瘤免疫分析、多组学泛癌症分析、人工智能研究在病理切片识别上的应用、人工智能多组学数据整合分析

二。常用生物医学数据库介绍

常用生物医学数据库介绍:

大型综合数据库:NCBI、UCSC

公共高通量测序数据库:SRA

公共基因表达谱数据库:GEO

公共癌症多组学数据库:TCGA

各大数据库数据下载

三、R语言基础

四、基于公共数据的Biomarker挖掘鉴定演练

差异表达分析及结果可视化:

1)edgeR包使用

2)火山图绘制

3)聚类热图绘制

GO、KEGG功能富集分析及结果可视化:

1)GO富集分析

2)KEGG富集分析

3)富集分析气泡图绘制

基因/蛋白互作网络构建、网络关键节点识别

1)利用string数据库查询基因/蛋白相互作用

2)利用cytoscape工具构建相互作用网络

3)网络拓扑结构分析、关键基因识别

预后相关性分析、生存曲线、ROC曲线绘制:

1)利用R包进行单因素及多因素预后分析

2)生存曲线绘制、生存曲线差异显著性分析

3)RISK  score计算及结果可视化

五、多组学数据联合分析演练

甲基化与转录组整合分析思路演练

1)甲基化数据预处理

2)差异甲基化位点及区域识别

3)甲基化与转录组数据联合分析

4)公共表观数据库:ENCODE、regulomeDB

lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练

1)lncRNA表达谱数据获取

2)miRNA靶基因分析

3)lncRNA与mRNA表达相关性分析

4)ceRNA网络构建及结果可视化

讲师介绍:

讲师团队具有丰富实践经验,由一线分析人员亲自授课。

裴老师,博士,北京市科学技术研究院副研究员,中国科学院北京市基因组所博士后,北京市计算中心生物计算事业部生物信息工程师。从事基因组与生物信息学研究多年,具有良好的遗传学及生物信息学研究背景与技术,具有大模型数据分析能力,从事关于遗传学、基因组学与生物信息学工作多年,具有大数据分析与机器学习技术工作经验。熟悉各种生物学与统计学专业软件与分析方法。具有较丰富的生物信息学数据分析、处理与高性能计算机的运用、程序开发及数据库平台构建工作经验。

刘老师,博士,助理研究员,博士毕业于中国科学院北京市基因组所,北京市计算中心生物计算事业部生物信息工程师。具有丰富的外显子组、转录组等测序数据分析,疾病基因组数据解读,公共数据库数据挖掘与二次开发经验。具有丰富的生物信息学技术培训授课经验。

袁老师,硕士,北京市计算中心生物计算事业部生物信息工程师。精通R、Python、Shell Script等编程语言,在服务器集群、生物信息数据库构建、多组学分析方面具有较长工作经验。

报名费用

注册费:4500元/人(含听课费、资料费、上机费,请自带笔记本电脑以备上机实践使用)。培训期间,免费提供工作午餐。

付费方式

现金、支票、银行转账、银行汇款

单位全称:北京市计算中心

账号:0200151819100023937

开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行

(汇款信息里备注上:“生物计算事业部——您的姓名”,个人汇款请备注单位名称)

【报名优惠政策】

1、2019.10.9之前报名并缴费,可享受减免200元优惠;

2、3人以上团体报名每人可减少300元;

3、4+1团报,可免费赠送一个名额;

4、上面3种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;

老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。

培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。

咨询请联系

QQ号:3498448850

张老师 18618295767(微信同号), 

邮箱:bcc_peixun@163.com

编辑: 会议君   

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