用R语言进行科研数据挖掘实战会议(6.6-7 网络精讲班)
无实验无数据没关系,用R语言挖掘别人的数据,发表自己的文章
两天一夜高强度实训,讲究实战,所有经验和盘托出
会后赠讲课录像便于反复复习(加密播放不零售,保障学员优势权利)
第十八期 2020/6/6-7 (两天&一晚,网络精讲班,微信群长期答疑)
还在认为没有实验就不能发表论文?还在为不精通挖掘GEO,TCGA,SEER的数据库而痛苦不堪?还在为不知道如何找课题找靶点而苦恼?还在为不会那些高大上的图表而暗自伤神?快来参加莫速乎的科研数据挖掘实战专题学习班吧,挖掘别人的数据,发表自己的文章,一次学习,不再报班!
本会议由于带着明确的目的性去学习R语言,且针对有/无R语言基础的学员均具有很大宽容性,自开班起就广受好评。随着近年来生物信息学技术的普及,R语言是每个科研工作者都有必要掌握的技能,以往漫无目的的学习R效果不理想,用R去进行科研数据挖掘,既学习了R又解决了实际科研问题。
学完课程并掌握后能干什么:
1.没有课题的时候找到课题,没有机制的时候挖掘机制
2.为基金申请保驾护航,发表paper如虎添翼
3.掌握R语言的核心技能,GEO,TCGA,SEER的数据处理没有压力
4.科研绘图:以一敌百,高端大气,私人订制。
这是一份带有诚意且注重实战的数据挖掘课程。我们的目标是:一次学习,不再报班。
课程特点:
1.不留秘密,私货全出,全程只用R语言,关键步骤不隐藏。
2.第一天晚上时间充分利用,增加带有讲师指导的练习,更多的训练时间,更好的掌握。
3.讲最核心的知识,讲通用的技能,适合各个专业。学后可应用到其他数据库的挖掘。
4.实例操作(至少3个套路),让你快速掌握数据挖掘套路。
5.现场完成一篇paper的思路以及图表。
6.讲师阵容强大,内容丰富深入
主讲人简介:
果子老师,在生信方面具有丰富经验,本次进行两天一晚的高强度实操训练,目标是让大家一次学习不再报班。讲师已在生信网站及公众号发布上万条生信相关帖子。作为临床科研工作者,深知无课题之苦,因此愿将所学知识和盘托出,没有隐藏。致力于给非生信专业人员普及生物信息学,擅长各种组学的处理,且讲课诙谐幽默。
适合人群:
广大临床/科研工作者及心有热血被困囚笼的研究生
课程安排:
第一天
08:30-11:55
R语言基础知识介绍
R语言数据结构以及循环控制(向量,因子,矩阵,数据框,列表,for循环,if控制)
编写自己的第一个批量处理数据的程序
R语言中数据框的操作(增删改查)
真实数据的清洗和整理
R包以及bioconductor资源的使用
R包无敌安装攻略
R语言绘图系统
R语言的读入以及写出数据
统一午餐
13:30-17:00
使用卡片复习R语言基础知识(2天中重复4次)
GEO数据库成套流程实战(数据清洗,热图,火山图,GO分析,KEGG分析,共表达分析)
GEO数据便捷实用的GSEA分析
GEO芯片的探针probe转化方法汇总
多个GEO芯片联合分析
TCGA数据库背景介绍+阅读文献
TCGA相关的网页工具汇总学习
介绍不同的癌症和不同组学
不同的分析套路解读(WGCNA,signatures,miRNA-mRNA配对或者ceRNA等)
TCGA数据分析的软硬件准备
下载及理解TCGA数据(所有数据)
R制作TCGA表型数据临床三线表
17:00-18:00
统一晚餐
晚上
18:00-21:00
R语言数据框的操作练习(掌握tidyr和dplyr)
如何根据需求绘制一个漂亮的火山图(学习ggplot2)
使用R语言制作特定肿瘤所有基因表达的数据库
TCGA原始数据的下载(GDC的方法和R包方法)
任意癌症任意基因在癌和癌旁的表达
如果有亚型,在不同亚型中的表达
如果有肿瘤有分期,在不同临床分期中的表达
单个基因在多个正常组织中的表达
单个基因在多个细胞系中的表达
单个基因在多个肿瘤中的表达
两个基因的相关性如何分析
第二天
08:30-11:55
差异分析(从counts数据开始整理表达数据,表达矩阵归一化,DESeq2)
提取mRNA矩阵
提取IncRNA矩阵
提取MiRNA矩阵
ceRNA网络构建
单基因的GSEA分析
神技能:注释任何一个基因包括长链非编码RNA
使用多种统计算法定位 signatures cox,lasso回归
生存分析
绘图美化
任意癌症中任意基因的生存分析
任意癌症中批量生存分析
TCGA文章的框架分析以及复现
答疑环节
统一午餐
13:00-16:30
利用GEO和TCGA数据库找到课题
利用GEO和TCGA数据库发掘下游机制
如何利用GEO和TCGA数据库申请基金
如何利用GEO和TCGA数据库发表文章
现场完成一篇生信文章的所有图表
提出科研假设
根据科研假设下载整理数据导入R语言
在R语言中清洗和整理数据达到对应R包的要求
数据处理过程中调整分析策略
绘制各个部分需要的图标
时间地点:
第十八期 2020/6/6-7 使用腾讯会议客户端进行在线讲课(非录播)(会议时间两天&一晚)
报名付费成功后,提前发培训需要应用到的软件与课件,并且指导安装
注册费用:3400元/人
两天集中网络授课,互动性好;
可开具会务,数据分析等发票;
可回放,可免费复听;
参加培训的学员可通过微信群继续和老师交流,长期获得答疑机会;
如果本次没学会,以后还可免费参加本班(疫情过后可免费参加线下培训)。
主办单位:上海莫速乎教育投资有限公司、上海荆麦信息科技中心
报名咨询:王老师 136 2183 4129 (微信同号) msh088@126.com
欢迎来电来邮件或者微信咨询索取word函件