【简介】
上海市生物信息学会（Shanghai Society for Bioinformatics，缩写SSBI）成立于2005年6月，是上海市科学技术协会下属的地方性学术团体。现有单位会员超过6家，并已经吸收了80多位个人会员，学会接受主管单位上海市科学技术协会的业务指导和上海市社会团体管理局的监督管理。上海市生物信息学会的挂靠单位为上海生物信息技术研究中心。 上海生物信息技术研究中心隶属于上海科学院，是由上海市科学技术委员会依托中国科学院上海生命科学研究院、国家人类基因组南方研究中心、复旦大学、上海交通大学、上海医药工业研究院等11家科研单位，整合上海生物信息学主要研究力量，正式组建了上海生物信息技术研究中心（以下简称“中心”）。中心是国内第一个以推动我国生物信息学数据共享为目的，专业从事生命科学研究、生物信息研究和数据库建设、生物信息学软件开发的独立事业法人单位。2006年成立博士后科研工作站。随着基因组学技术的发展，中心建立了新一代测序技术平台，包含Roche 454， Illumina HiSeq 2000/2500，Illumina MiSeq，Ion Proton，Solid等测序系统，能够开展新基因组测序（de novo sequencing）、基因组重测序（re-sequencing）、靶向测序（targeted sequencing）、甲基化测序（Methyl-Seq）、转录因子结合位点测序（ChIP-Seq）、全转录组测序（RNA-Seq）、miRNA测序（miRNA-Seq）等实验和数据分析。中心在系统建模、定量组学数据获取、分析、数据整合及其相互作用网络分析技术平台建设方面已经有了很多重要的研究成果。在蛋白质组学研究、细胞信号转导研究等多个领域研究达到了国际先进水平，在系统生物学和生物信息学研究方面也取得国内外瞩目的研究成果。
【会议日程】
生物信息基础班日期时间课程名称讲师课程内容
8月1日9:00 - 10:30生物信息学概要丁国徽生物信息学数据分析概论深入介绍国内外知名生物数据库搜索技巧及常见问题
8月1日10:45 - 12:00Linux与Perl、R语言的应用李光Linux系统操作大型服务器的操作Perl语言基础与介绍R语言基础介绍
8月1日13:30 - 16:30生物信息学中的统计分析（R）李虹R基础知识；R的应用R扩展包；R解决生物学统计问题实例
8月1日16:30 -17:00自由讨论与答疑
8月2日9:00 - 12:00核苷酸序列分析郑广勇核酸序列分析概论核苷酸数据库介绍BLAST软件介绍如何使用公共资源预测序列功能
8月2日13:30 - 16:30进化分析王振物种进化概率系统发育学常见进化分析及软件应用进化分析实例
8月2日16:30 -17:00自由讨论与答疑
8月3日9:00 - 12:00表达谱芯片数据分析唐小艳检测基因表达水平的技术差异表达基因的鉴定和检测Bioconductor package的应用
8月3日13:30 - 16:30二代测序技术丁国徽第二代测序技术介绍第二代测序技术分析流程和常见软件第二代测序技术的其他应用
8月3日16:30 -17:00自由讨论与答疑转录组数据分析 专题培训班日期时间课程名称讲师课程内容
8月15日9:00-10：30RNA分析背景及前沿技术介绍王振转录组基本概况和技术发展简介
8月15日10:30-12:00有refernce转录组数据分析李君一数据预处理与质量控制、表达量计算、差异基因筛选
8月15日13:30-16:30无reference转录组数据分析唐小艳
8月16日9:00-12:00转录组高级数据分析袁力赟聚类、功能富集、网络等
8月16日13:30-16:30上机演练质控（FASTQC）、定量（Tophat）、差异（Cuffdiff）；转录组从头组装、功能注释、GO分类、COG分类、代谢通路分析
8月17日9:00-10:30micRNA二测序数据分析唐小艳microRNA测序数据预处理测序数据长度分布计算microRNA的预测microRNA碱基偏好性计算microRNA靶标基因预测，结果提取、统计
8月17日10:30-12:00LncRNA分析介绍袁力赟
8月17日13:30 -16:30自由讨论与答疑高通量测序专题培训日期时间课程名称讲师课程内容
8月29日9:00-10:30高通量测序背景及发展现况简介丁国徽三种成熟的测序平台介绍Illumina HiSeq系列，Ion Proton及PacBio系列测序原理,特点，深度测序技术研究进展
8月29日10:30-12:00高通量测序实验过程裘锋DNA-Seq，RNA-Seq，smallRNA-Seq和甲基化测序实验过程
8月29日13:30-17:00RNA-seq数据分析李君一有参考基因组的数据预处理与质量控制、表达量计算、差异基因筛选；无参考基因组的转录组从头组装、功能注释、GO分类、COG分类、代谢通路分析等
8月29日16:30-17:00自由讨论与答疑
8月30日9:00-12:00全基因组或目标区域重测序数据分析王振IIIumina测序数据的质控流程基因组定位SNP、Indel、CNV、染色体结构变异及注释高级分析以及后续应用的简单介绍
8月30日13:30-16：30基因组de novo数据分析徐泽，王振序列预处理（质量控制）基因组拼接基因组功能注释及分类比较基因组学分析等
8月30日16:30-17:00自由讨论与答疑
8月31日9:00-10:30甲基化测序和数据分析李光序列预处理（质量控制）甲基化位点检测及注释高级分析以及后续应用的简单介绍
8月31日10:30-12:00微生物基因组测序和数据分析袁力赟序列预处理序列比对、聚类、多样性指数分析高级分析以及后续应用的简单介绍
8月31日13:30-15:00micRNA测序数据分析唐小艳数据质量控制预处理已知microRNA丰度统计及差异分析新micRNA预测micRNA靶基因预测高级分析以及后续应用
8月31日15:00-17:00基因组重测序、多种平台组合方案和测序方案讨论
【拟邀请报告人】
丁国徽 博士，上海生物信息技术研究中心/上海生物医学研究院个人基因组研究组组长。2009年11月，破格提升为中国科学院上海生命科学研究院副研究员。丁国徽博士主要以分子进化，基因组学和生物医学信息作为研究方向，已发表论文57篇，其中以第一作者或通讯作者发表SCI论文 20篇，参与申请专利5项，软件著作权11项。
郑广勇 博士，副研究员，中国科学院－马 普学会计算生物学伙伴研究所，副研究员；上海生物信息技术研究中心，病原基因组学课题组，CO-PI. 郑广勇博士目前已在Nature genetics, PNAS, Human Mutation, Molecular & Cellular Proteomics, Bioinformatics, BMC bioinformatics，BMC genomics, Nature communications 等国际重要学术刊物发表了一系列论文，论文总影响因子超过70，总引用次数超过400次。
李虹 博士，在中科院系统生物学重点实验室任助理研究员，主要研究兴趣为计算基因组学和癌症组学大数据挖掘。共以第一作者发表SCI论文8篇（PloS Genetics, Molecular & Cellular Proteomics, Nucleic Acids Research. Bioinformatics等）， 累计引用139次；参与发表SCI论文10篇， 累计引用729次；参与申请软件著作权4项。
李光 高级工程师，多年从事生物信息数据的采集，分析工作。熟练使用Linux系统，依托Linux系统搭建高通量分析平台，构建数据库，结合Mysql，Php，Java可以提供基本展示平台。使用Perl，R等分析工具处理数据，进行进一步统计分析。
王振 博士，现为上海生命科学研究院博士后。博士阶段的研究方向为基因组进化与功能的研究。主要工作是研究蛋白质磷酸化的进化，通过分子进化的方法，发现脊椎动物不同功能模块中的磷酸化位点的保守性存在显著差异，从而揭示了磷酸化对脊椎动物特异性功能形成的作用。博士后阶段的方向为模式生物的基因组研究。基于基因组的深度测序，利用比较基因组和群体遗传学的方法，解析模式生物特殊性状的分子机制。
袁力贇 博士，中国科学院上海生命科学研究院系统生物学实验室博士后。研究细胞全能性的分化机制。构建非编码RNA的分析流程，研究lncRNA的生物学功能及其在不同疾病中的分子调控机制。还参与包括高通量测序数据的质量控制，全基因组和外显子基因组数据分析的流程构建等工作。
李君一 中国科学院上海生命科学研究院系统生物学国家重点实验室博士后。 科研兴趣主要是运用统计的算法以及数理的模型，结合高通量数据来研究解决遗传学和表观遗传学有关的生物信息学问题。
【主办单位】上海生物信息学会
【协办单位】苏州贝斯派生物科技有限公司
上海生物信息技术研究中心
上海众信生物技术有限公司
【培训地址】上海市科技创业中心1号楼
【具体上课地点】 上海市徐汇区钦州路100号1号楼12楼
【付费方式】 7月21号之后付款3000元/人/期
7月21号之前付款2800元/人/期
在校学生持学生证2500元/人/期
同一个单位，4人以上集体报名（含4名），2500元/人。
同一个人，同时报3期培训，2500元/期。
【说明】以上费用含证书（上海生物信息学会颁发）、教材、税金、午餐、茶点
【联系方式】
联系人：李伟伟
电话：021-54065275
Email： wwli@encodegenomics.com
