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Agilent启动子甲基化芯片
Agilent 甲基化芯片通过SurePrint芯片合成专利技术,结合优化的探针设计及实验方法,可灵活进行甲基化研究,得到高灵敏度、高特异性、高重复性的结果。
技术流程:
1. 将基因组DNA超声打断成400-500bpDNA片段;
2. 加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份;
3. 其中一份单链DNA样品加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗体。使用免疫磁珠法分离样品中甲基化DNA片段的抗体复合物,样品中其余的非甲基化DNA片段被洗脱;
4. 纯化免疫共沉淀的DNA片段;对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记;
5. 标记后的MeDIP与Input样品混合、变性,与芯片杂交;
6. 检测杂交信号并进行数据分析。
芯片种类:
Agilent 肿瘤甲基化芯片,8x60K
● 欧易生物和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片。
● 绝大多数基因是针对基因启动子区域的CpG岛设计探针。
● 芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因,其中2128个和肿瘤发生有关系。
● 从功能上分,有256基因和细胞凋亡有关,1273个基因和信号传导有关,487个基因和压力和衰老有关。
● 特别适用于癌症甲基化研究。
案例分析:
用Agilent定制甲基化芯片和表达谱芯片共同筛选乳腺癌患者的高甲基化基因,并探讨甲基化与基因表达的关系
为了寻找乳腺癌早期诊断的甲基化标记基因,探讨基因甲基化水平与基因表达量之间的关系,科研者使用甲基化芯片和表达谱芯片进行了相关研究。研究中,甲基化程度检测使用BSP法和COBRA分析,基因表达水平检测用RT-PCR。结果,在乳腺癌患者中检测到70对高度甲基化差异显著的基因,表达谱芯片分析结果显示在乳腺癌患者中这70个基因大部分不表达;RT-PCR结果也显示大部分基因表达量很低甚至不表达。这种研究策略,能够直观方便的筛查患者甲基化基因,有效地寻找乳腺癌标记基因,对研究甲基化基因调控基因表达提供研究基础。
原文:Screening of significantly hypermethylated genes in breast cancer using microarray-based methylated-CpG island recovery assay and identification of their expression levels. Int J Oncology. 2012
乳腺癌样本和正常样本甲基化差异
编辑: gaowei2010