丁香园 | 丁香通 | 人才 | 会议 | 药学 | 博客 　
　点击次数：次

技术应用策略 更多 >>

资料下载 更多 >>

热门点评 更多 >>

转录因子塑造新的甲基化谱-低甲基化

转载请注明来自丁香园
发布日期：2012-09-19 09:52 文章来源：丁香园
分享到： 收藏夹 新浪微博 腾讯微博 开心网 豆瓣社区 人人网
关键词： 甲基化 技术专题 欧易生物 丁香通 丁香园 　 点击次数：


在过去的研究中，研究者往往将目光集中在高甲基化模式上。而在2011年底发表于Nature上的这篇文章中，作者采用BS-seq的方法构建了单碱基精度的甲基化图谱，不仅将目光放在高甲基化的区域，而且分析了低甲基化和未甲基化区域。结合ChIP-seq的结果发现了低甲基化区域与转录因子之间有一些有趣的联系，于是作者将研究目光集中到了低甲基化区域，对这个区域进行了深入的研究。

研究者首先采用全基因组重亚硫酸盐测序方法，对小鼠胚胎干细胞(ES)和神经元祖细胞(NP)进行分析，构建小鼠单碱基对精度全基因组甲基化图谱。该张图谱显示，小鼠基因组中大部分区域（89.4%）呈现高甲基化状态，小部分区域（6.5%）呈现未甲基化状态，另外还有一部分区域（4.1%）呈现出低甲基化状态(LMRs)。研究者对这小部分的低甲基化区域很感兴趣，对这些区域的特征进行详细的分析，他们发现转录因子以一种定向的方式促成LMRs模式出现。如果没有这些转录因子的作用，DNA依然保持甲基化和紧凑包装。由此研究者提出一种全新的表观遗传模式--转录因子介导的低甲基化调控模式。

Abstract：

Methylation of cytosines is an essential epigenetic modification in mammalian genomes, yet the rules that govern methylation patterns remain largely elusive. To gain insights into this process, we generated base-pair-resolution mouse methylomes in stem cells and neuronal progenitors. Advanced quantitative analysis identified low-methylated regions (LMRs) with an average methylation of 30%. These represent CpG-poor distal regulatory regions as evidenced by location, DNase I hypersensitivity, presence of enhancer chromatin marks and enhancer activity in reporter assays. LMRs are ccupied by DNA-binding factors and their binding is necessary and sufficient to create LMRs. A comparison of neuronal and stem-cell methylomes confirms this dependency, as cell-type-specific LMRs are occupied by cell-type-specific transcription factors. This study provides methylome references for the mouse and shows that DNA-binding factors locally influence DNA methylation, enabling the identification of active regulatory regions.

原文：DNA-binding factors shape the mouse methylome at distal regulatory regions. Nature. 2011.

编辑: gaowei2010

以下网友留言只代表网友个人观点，不代表网站观点