真菌基因组测序相关案例
目前已经采用第二代测序技术进行基因组测序的真菌如下：
| 物种名称 | 基因组大小 | 测序方式 | 发表杂志 | 发表时间 |
| Encephalitozoon intestinalis | 2.3Mb | solexa | Nature communication | 2010 |
| Grosmannia clavigera | 32.5Mb | 454&solexa&sanger | Genome biology | 2009 |
| Metarhizium acridum CQMa 102 | 39Mb | solexa | PLoS Genetics | 2011 |
| Metarhizium anisopliae ARSEF 23 | 39Mb | solexa | PLoS Genetics | 2011 |
| Nosema ceranae BRL01 | 7.9Mb | 454 | PLoS Pathogen | 2009 |
| Octosporea bayeri OER-3-3 | 13.2Mb | solexa | Genome biology | 2009 |
| Pichia pastoris GS115 | 9.2Mb | 454 | Nature biotechnology | 2009 |
| Saccharomyces cerevisiae | 12Mb | 454 | PLoS Genetics | 2011 |
| Saccharomyces cerevisiae JAY291 | 12Mb | 454&solexa | Genome Research | 2009 |
| Schizosaccharomyces cryophilus OY26 | 11Mb | 454 | FEMS Yeast Research | 2010 |
| Pyrenophora teres f. teres 0-1 | 41.9Mb | solexa | Genome biology | 2010 |
| Arthroderma benhamiae | 22.3Mb | 454&Sanger | Genome biology | 2011 |
| Trichophyton verrucosum | 22.6Mb | 454&Sanger | Genome biology | 2011 |
1、皮肤真菌基因组测序
利用Rcohe 454&ABI Sanger测序平台研究人员了破译皮肤感染真菌Arthroderma benhamiae和Trichophyton verrrucosum的基因组序列。结果显示A. benhamiae和T. verrrucosum的基因组有很好的共显性；比较基因组学分析发现了一些与皮肤真菌致病相关的基因家族。
图1，部分基因组序列构建的系统进化树。A. benhamiae和T. verrrucosum聚在一起
2、工业用酿酒酵母pan-genome分析
研究人员对6株商业化的酿酒酵母菌株进行了Roche 454高通量测序。结果显示基因组上存在大量的单核苷酸突变和大范围的插入和缺失事件，插入缺失造成了菌株之间的基因的差异，研究发现了20多个以前未发现的新基因，研究还发现一个包括5个基因的基因簇存在于多个菌株的不同染色体插入位置，这些发现表明尽管酵母的基因组也就被研究得很透彻，仍然可以发现新的基因和新的基因转移模式。
图2 菌株和等位基因特异的InDel在基因YPL088W的启动子区域
图2 已测酿酒酵母基因组的系统发育树(利用发现的SNPs)
图3 5基因基因簇在不同菌株不同染色体上的分布情况
相关文献
1. Burmester A, Shelest E, Gl?ckner G, et al. Comparative and functional genomics provide insights into the pathogenicity of dermatophytic fungi. Genome Biol, 2011, 12(1): R7.
2. Borneman AR , Desany BA Riches D, et al. Whole-genome comparison reveals novel genetic elements that characterize the genome of industrial strains of Saccharomyces cerevisiae. PLoS Genet, 2011, 7(2): e1001287.
3. Argueso JL, Carazzolle MF, Mieczkowski PA, et al. Genome structure of a Saccharomyces cerevisiae strain widely used in bioethanol production. Genome Res, 2009, 19(12): 2258-2270.
4. Diguistini S, Liao NY, Platt D, et al. De novo genome sequence assembly of a filamentous fungus using Sanger, 454 and Illumina sequence data. Genome Biol, 2009, 10: R94.
编辑: helen
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