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细菌基因组测序相关案例

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发布日期:2011-08-11 15:40 文章来源:丁香园
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关键词: 专题 测序 高通量 生物   点击次数:

1、卡他莫拉菌基因组测序

de Vries SP等人结合Roche 454、Illumina Solexa和ABI3730xl三种测序平台绘制了呼吸道致病菌卡他莫拉菌(Moraxella catarrhalis)菌株RH4的完成图,并进行了基因组功能注释。研究发现菌株RH4基因组由1,863,286个核苷酸组成,并含有1,886个蛋白编码基因。比较基因组分析表明菌株RH4和ATCC 43617的基因组高度保守。卡他莫拉菌基因组完成图的绘制为进一步研究其致病机制,研发新的疫苗奠定了基础。

图 卡他莫拉菌菌株RH4基因组圈图

2、金黄色葡萄球菌基因组重测序

Stephen D. Bentley等人对63株金黄色葡萄球菌基因了重测序研究,包括43株1982年至2003年间世界范围内的分离到的MRSA ST239菌株和20株分离自泰国同一所医院(Sappasithiprasong hospital)的MRSA ST239菌株(时间跨度7个月)。 研究者选取分离株TW20进行全基因组测序,获得基因组完成图。 以TW20的基因组作为模板,对其他菌株进行全基因组重测序(resequencing)。

通过统计各菌株的snp突变,构建了基于snps的进化树,分析了各菌株之间的进化关系,包括跨州传播、区域隔离以及医院内传播等。

相关文献

1. Harris SR, Feil EJ, Holden MT, et al. Evolution of MRSA during hospital transmission and intercontinental spread. Science, 2010, 327: 469-474.

2. Reinhardt JA, Baltrus DA, Nishimura MT, et al. De novo assembly using low-coverage short read sequence data from the rice pathogen Pseudomonas syringae pv. oryzae. Genome Res, 2009, 19: 294-305.

3. MacLean D, Jones JD, Studholme DJ. Application of 'next-generation' sequencing technologies to microbial Genetics. Nat Rev Microbiol, 2009, 7: 287-296.

4. Chen PE, Willner KM, Butani A, et al. Rapid identification of genetic modifications in Bacillus anthracis using whole genome draft sequences generated by 454 pyrosequencing. PLoS One, 2010, 5: e12397.

5. de Vries SP, van Hijum SA, Schueler W, et al. Genome analysis of Moraxella catarrhalis strain RH4, a human respiratory tract pathogen. J Bacteriol, 2010, 192(14): 3574-3583.
 

编辑: helen

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