细菌基因组测序相关案例
1、卡他莫拉菌基因组测序
de Vries SP等人结合Roche 454、Illumina Solexa和ABI3730xl三种测序平台绘制了呼吸道致病菌卡他莫拉菌（Moraxella catarrhalis）菌株RH4的完成图，并进行了基因组功能注释。研究发现菌株RH4基因组由1,863,286个核苷酸组成，并含有1,886个蛋白编码基因。比较基因组分析表明菌株RH4和ATCC 43617的基因组高度保守。卡他莫拉菌基因组完成图的绘制为进一步研究其致病机制，研发新的疫苗奠定了基础。
图 卡他莫拉菌菌株RH4基因组圈图
2、金黄色葡萄球菌基因组重测序
Stephen D. Bentley等人对63株金黄色葡萄球菌基因了重测序研究，包括43株1982年至2003年间世界范围内的分离到的MRSA ST239菌株和20株分离自泰国同一所医院(Sappasithiprasong hospital)的MRSA ST239菌株(时间跨度7个月)。 研究者选取分离株TW20进行全基因组测序，获得基因组完成图。 以TW20的基因组作为模板，对其他菌株进行全基因组重测序(resequencing)。
通过统计各菌株的snp突变，构建了基于snps的进化树，分析了各菌株之间的进化关系，包括跨州传播、区域隔离以及医院内传播等。
相关文献
1. Harris SR, Feil EJ, Holden MT, et al. Evolution of MRSA during hospital transmission and intercontinental spread. Science, 2010, 327: 469-474.
2. Reinhardt JA, Baltrus DA, Nishimura MT, et al. De novo assembly using low-coverage short read sequence data from the rice pathogen Pseudomonas syringae pv. oryzae. Genome Res, 2009, 19: 294-305.
3. MacLean D, Jones JD, Studholme DJ. Application of 'next-generation' sequencing technologies to microbial Genetics. Nat Rev Microbiol, 2009, 7: 287-296.
4. Chen PE, Willner KM, Butani A, et al. Rapid identification of genetic modifications in Bacillus anthracis using whole genome draft sequences generated by 454 pyrosequencing. PLoS One, 2010, 5: e12397.
5. de Vries SP, van Hijum SA, Schueler W, et al. Genome analysis of Moraxella catarrhalis strain RH4, a human respiratory tract pathogen. J Bacteriol, 2010, 192(14): 3574-3583.
编辑: helen
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