基因表达谱分析相关案例
1. 病毒不同感染时期的宿主RNA-Seq分析
Matthieu Legendre等人采用Roche 454高通量测序平台对感染了巨病毒（mimivirus）的Acanthamoeba castellanii的mRNA进行了深度测序，共发现了75个新基因。早中晚三个不同感染时期的RNA-Seq分析证实了文献报道的AAAATTGA属于早期启动子元件的结论，并发现了一个与晚期基因表达相关的新启动子元件。
图 宿主Acanthamoeba castellanii和巨病毒的测序reads随感染时间的变化情况
2. 表达差异分析
Marioni JC等人对RNA-Seq技术进行了评估。结果表明RNA-Seq具有很高的可重复性。与传统的表达谱芯片相比，RNA-Seq能发现更多的差异表达基因，并能检测到低表达量的基因、发现基因的可变剪切和新的转录本。
图 RNA-Seq技术同Microarray技术比较
相关文献
1. Legendre M, Audic S, Poirot O, et al. mRNA deep sequencing reveals 75 new genes and a complex transcriptional landscape in Mimivirus. Genome Res, 2010, 20: 664-674.
2. Marioni JC, Mason CE, Mane SM, et al. RNA-seq: an assessment of technical reproducibility and comparison with gene expression arrays. Genome Res, 2008, 18: 1509-1517.
3. Hoen PA, Ariyurek Y, Thygesen HH, et al. Deep sequencing-based expression analysis shows major advances in robustness, resolution and inter-lab portability over five microarray platforms. Nucleic Acids Res, 2008, 36(21): e141.
4. Morrissy AS, Morin RD, Delaney A, et al. Next-generation tag sequencing for cancer gene expression profiling. Genome Res, 2009, 19: 1825-1835.
编辑: helen
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