Small RNA深度测序相关案例
1、 家蚕不同发育时期的miRNA表达情况
Guru Jagadeeswaran等人对家蚕4个不同发育时期的miRNA表达情况进行了研究。共测序2.5M个长度在18-30的序列片断，序列分析鉴定了14个新的miRNA和101个保守的miRNA。95%的保守miRNA在不同发育时期的表达情况不同。
图1 miRNA测序reads的长度分布情况
| Feeding larvae | Spinning larvae | Pupae | Moth | Total | |
| non-codingRNAs (rRNA, tRNAs etc.,) | 558345 | 167369 | 94118 | 169508 | 989340 |
| conserved and novel miRNAs | 43278 | 70143 | 67256 | 69913 | 250590 |
| messenger RNAs | 101508 | 27736 | 9577 | 13564 | 152385 |
| mitochondrial RNAs | 7356 | 951 | 231 | 201 | 8739 |
| repetitive elements | 147327 | 40034 | 16522 | 30965 | 234848 |
| subtotal | 832966 | 293424 | 182808 | 272612 | 1581810 |
| cannot be mapped to the available genome | 314787 | 305855 | 106495 | 191188 | 918325 |
| Total | 1147753 | 599279 | 289303 | 463800 | 2500135 |
| Unique small RNAs | 350095 | 245339 | 101669 | 150197 | 739119 |
表2 miRNA数据分析总结
图3 不同miRNA在不同时期的表达情况
2、 果蝇miRNA深度注释
Berezikov等人对76个果蝇的small RNA Illumina数据和111个其他发表的small RNA数据进行了果蝇miRNA深度注释，总数据量超过了十亿个reads。研究者对miRNA的特征进行了总结，鉴定出49个新的基因组miRNA位置，61个可能的miRNA位点。该工作为miRNA多样性和进化研究提供很好的借鉴。
图4 miRNA在不同组织中的表达情况
图5 miRNA的结构示例
3、 拟南芥miRNA研究
Zhang等人对拟南芥的miRNA进行了深度测序，发现同一个miRNA前体可产生多个不同的miRNA。
图6 同一个miRNA前体产生多个miRNA
相关文献
1. Jagadeeswaran G, Zheng Y, Sumathipala N, et al. Deep sequencing of small RNA libraries reveals dynamic regulation of conserved and novel microRNAs and microRNA-stars during silkworm development. BMC genomics, 2010, 11:52.
2. Berezikov E, Robine N, Samsonova A, et al. Deep annotation of Drosophila melanogaster microRNAs yields insights into their processing, modification, and emergence. Genome Res, 2011, 21: 301-314.
3. Zhang WX, Gao S, Zhou XF, et al. Multiple distinct small RNAs originate from the same microRNA precursors. Genome Biol, 2010, 11(8): R81.
4. Glazov EA, Cottee PA, Barris WC, et al. A microRNA catalog of the developing chicken embryo identified by a deep sequencing approach. Genome Res, 2008, 18: 957-964.
5. Morin RD, O'Connor MD, Griffith M, et al. Application of massively parallel sequencing to microRNA profiling and discovery in human embryonic stem cells . Genome Res, 2008, 18: 610-621.
编辑: helen
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