Small RNA深度测序
常见问题及解答：
1. 如何分离Small RNA？
目前，RNA纯化方法主要包括有机溶剂抽提+乙醇沉淀、硅胶膜离心柱等。由于硅胶膜离心柱只能富集200nt以上的RNA分子，所以并不适用于Small RNA的分离纯化。有机溶剂抽提虽然能够较好的保留Small RNA，但是后期的沉淀步骤非常繁琐。对于Small RNA测序，我们主要采用PAGE胶电泳对Small RNA进行分离。Small RNA的长度为18～30nt，合作伙伴可根据感兴趣的长度进行研究。
2. 采用Illumina进行Small RNA测序时read的长度为多少？
Small RNA的长度为18～30nt，采用Illumina测序平台进行测序，我们推荐的测序长度为35bp，在后期的生物信息分析中，可对序列信息进行修剪，去除接头序列以获得Small RNA序列。
3. 有哪些miRNA数据库？
常用的miRNA数据库包括miRBase、PMRD等。miRBase收录了32个物种超过14000多条miRNA序列信息，是目前最为重要的miRNA数据库之一。该数据库不仅能够提供miRNA检索，还可以通过链接microCosm、TargetScan、Pictar等网站进行靶基因的预测。PMRD （<http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/>）是一个专门针对植物miRNA的数据库，由于动植物miRNA产生的过程和其作用原理存在一定的差异，所以对miRBase数据库而言，PMRD正好补充了其在植物miRNA方面的空缺。此外，还有一些针对特殊物种或特殊用途的miRNA数据库。如主要收录疾病相关miRNA的数据库miR2Disease（<http://www.mir2disease.org/>）等。
4. 有哪些miRNA预测软件？
| 软件名 | 适用物种 | 网址 |
| PalGrade | 人 | — |
| miRscan | 线虫 | http://genes.mit.edu/mirscan |
| Srnaloop | 线虫 | http://arep.med.harvard.edu/miRNA/pgmlicense.html |
| miRseeker | 果蝇 | http://www.fruitfly.org/seq_tools/miRseeker.html |
| findMiRNA | 拟南芥 | http://sundarlab.ucdavis.edu/mirna |
| miR-abela | 动物 | http://www.mirz.unibas.ch/cgi/pred_miRNA_genes.cgi |
| BayesMiRNAfind | 动物 | https://bioinfo.wistar.upenn.edu/miRNA/miRNA |
| ProMiRⅡ | 动物 | http://cbit.snu.ac.kr/~ProMiR2 |
| RNAz+RNAmicro | 动物 | http://www.tbi.univie.ac.at/~jana |
| Microprocessor SVM | 动物 | https://demo1.interagon.com/miRNA |
| ERPIN | 动植物 | http://tagc.univ-mrs.fr/erpin |
| MiRAlign | 动植物 | http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/miralign/ |
| microHARVESTER | 植物 | http://www-ab.informatik.uni-tuebingen.de/software |
| MIRFINDER | 植物 | http://www.bioinformatics.org/mirfinder |
| Vmir | 病毒 | http://www.hpi-hamburg.de/forschung/abteilungen-forschungsgruppen/zellulaere-virusabwehr/software-download.html |
5. 有哪些miRNA靶基因预测软件？
miRNA靶基因预测软件分为第一代预测软件和第二代预测软件，两者的区别是所采用的算法不同，前者大多是从种子互补这一规则出发设计算法，其次才考虑miRNA靶基因跨物种间的保守性；而后者更倾向于采用机器学习方法训练参数进行靶基因预测。现在，多采用第二代target预测方法对miRNA靶基因进行预测。
| 软件 | 适用范围 | 网址 |
| 第一代miRNA target 预测软件： | ||
| MicroInspector | 哺乳动物 | http://mirna.imbb.forth.gr/microinspector/ |
| DIANA-microT | 哺乳动物 | http://www.diana.pcbi.upenn.edu/ |
| RNAhybrid | 哺乳动物 | http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/ |
| miRanda | 脊椎动物 | http://www.microrna.org/ |
| TargetScan | 脊椎动物 | http://www.targetscan.org/ |
| 第二代miRNA target 预测软件： | ||
| microTar | 线虫、果蝇和小鼠 | http://tiger.dbs.nus.edu.sg/microtar/ |
| TargetBoost | 线虫和果蝇 | https://demo1.interagon.com/targetboost/ |
| miTarget | 哺乳动物 | http://cbit.snu.ac.kr/~miTarget/ |
| RNA22 | 哺乳动物 | http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html |
| PicTar | 哺乳动物 | http://pictar.bio.nyu.edu/ |
6. 如何对Small RNA进行注释？
注释保守和非保守的Small RNA的方法各不相同。
保守的Small RNA是通过与已知的非编码Small RNA数据库进行比对进行注释，如Non coding RNA database（http://biobases.ibch.poznan.pl /ncRNA/）。如果Small RNA拥有常用的专门数据库，还需将待注释的Small RNA与这些数据库比对，注释结果取两者的并集。
| 名称 | 数据库名称 | 网址 |
| miRNA | miRbase | http://www.mirbase.org/ |
| siRNA | siRNAdb（SBC） | http://sirna.sbc.su.se/ |
| piRNA | piRNABank | http://pirnabank.ibab.ac.in/ |
| SnoRNA | SCRI（plant） | http://www.scri.ac.uk/research/genetics/platformtechnologies/bioinformatics/databases |
| snoRNA Database （yeast） | http://people.biochem.umass.edu/fournierlab/snornadb/main.php | |
| SnoRNABase （human） | http://www-snorna.biotoul.fr/info.php | |
| tRNA | Genomic tRNA Database | http://gtrnadb.ucsc.edu/ |
剩下的非保守的Small RNA，可根据其序列和结构特征，用相应的软件进行预测，以注释Small RNA。如miRNA的预测过程包括：① miRNA的前体预测；② 成熟miRNA的预测；③ 成熟miRNA靶基因的预测；④ 实验验证。
编辑: helen
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