动植物基因组重测序
常见问题及解答：
1. 重测序需要多少覆盖度？
重测序的覆盖度是由所测样品的物种及合作伙伴的具体需求决定的。例如，采用Solexa进行人类基因组重测序，如要获得绝大多数的变异信息，覆盖度需达20×以上。
2. 重测序分析中de novo拼接有没有意义？
重测序个体基因组与参考基因组之间除存在一些常见的SNPs、SVs等差异外，也可能存在重测序个体本身特有的基因序列，而只依靠比对很难发现这些序列，这时可对重测序个体进行简单的de novo拼接。生物信息分析中先将重测序数据比对到参考基因组上，如发现有一定量无法比对上的数据，此时，一方面需要考虑是否存在样品污染，另一方面就是存在重测序个体所特有的基因组片段。前者能够通过同源比对进行筛选，而后者需要进行de novo拼接，有可能发现重测序个体中特有序列，这对参考基因组是一种补充。
3. 如何验证重测序的结果？
通过全基因组重测序一般能够发现SNP、SV、CNV、InDel等多种遗传变异，不同的变异类型，其验证方法也各不相同。① SNPs可以通过PCR扩增包含该SNP位点的区段，并进行测序；或采用SNP分型检测的方法验证。② CNVs可通过Real-time PCR对存在拷贝数变异的片段进行扩增，并根据CT值估算不同个体的拷贝数变化倍数。③ 小的SVs可通过PCR扩增和测序辨别，而大的SVs则需要通过亚显微方法发现，如FISH等。④ 小片段的InDel，可通过PCR扩增，利用Sanger法测序进行验证。
编辑: helen
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