环境微生物群落多样性分析
常见问题及解决：
1. 能对哪些环境下的样品进行分析？
目前已经成功运用Roche 454技术发表的文章涵盖农业、土壤、林业、海洋、矿井（石油等）、人体医学等诸多领域，共计近1400篇，Paper目录可向本公司索取。其中有大量文献发表于国际顶级杂志上，包括Science、ISME、PNAS、AEM等。
2. 需要多少测序量？
由于不同环境样品的物种成分、丰度都各不相同，所需的测序量也不一样。我们会根据合作伙伴样品的具体情况及研究目的，进行测序深度数据库检索，给合作伙伴提供合理建议。
3. ABI3730xl测序方法和Roche 454高通量测序方法在环境微生物群落多样性检测中有什么区别?
| 454高通量测序 | ABI3730xl测序 | |
| 测序读长 | 350～500bp | 800bp |
| 对样品要求 | 满足PCR条件即可 | 满足PCR条件即可 |
| 实验周期 | 2周 | 2个月 |
| 多样品平行测序 | 可以 | 不可以 |
| 宏基因组测序量 | 20000条 | 3000条 |
| 优缺点对比 | 高覆盖深度，无需克隆步骤，数据几乎无偏向性，可以如实反映样品微生物全貌 | 测序通量灵活，序列读长达800bp；需要克隆，测序量受限，数据有偏向性（取决于测序量） |
| 总费用 | 0.8万元 | 7.5万元 |
4. DGGE技术与Roche 454高通量测序技术在环境微生物群落多样性研究中有什么区别？
DGGE等分子指纹技术，在其实验结果中往往只含有数十条条带，只能反映出样品中的优势种群，也无法得到细菌种类的绝对数量。而Roche 454高通量测序技术能同时对样品中的优势种群及微量的劣势种群进行检测，获得样品中的微生物群落组成，并将其含量进行数字化。
5. 在医学领域有哪些应用？
在人类的皮肤、口腔、呼吸道、胃肠道和尿道等处存在着大量与人体健康密切相关的正常菌群。它们能够合成并辅助机体吸收一些必需氨基酸和维生素；加工诸如植物多糖等人类饮食中一些难以消化的组分；占据人体的不同粘膜表面并产生天然的抗生素，抑制有害菌的着落与生长。目前，人们已经采用传统方法对人类正常菌群作了许多研究，但是这种方法需要对微生物进行纯培养，从而大大限制了我们对机体正常菌群，尤其是许多不可培养微生物的认识。第二代高通量测序技术能对人体菌群进行深度测序，从而精确检测到千分之一机体微生物群落的数量和组成结构的变化，突破了传统方法基于纯培养的限制，能使我们从整体上认识微生物群落自身及其与宿主之间的相互作用关系对人体健康的影响。例如，利用第二代高通量测序技术可以对处于疾病状态下的人体微生境进行研究，比较分析正常和疾病状态下或疾病不同进程中人体微生物群落的结构和功能变化；可以对正常人群与某些疾病患者体中的微生物群体多样性比较分析，研究微生物群落变化同疾病之间的关系；通过深度测序还可以快速地发现和检测新发传染病病原以及常见病源微生物。
编辑: helen
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