细菌基因组测序
常见问题及解答：
1. Roche 454测序平台和Illumina Solexa测序平台在细菌基因组测序中有哪些区别？
| Roche 454测序平台 | Illumina Solexa测序平台 | |
| 测序读长 | 300～500bp | 75～100bp |
| 对样品要求 | 2μg | 5μg |
| 实验周期 | 30个工作日 | 40个工作日 |
| 多样品平行测序 | 可以 | 可以 |
| 测序覆盖率 | 20× | 100× |
| 优点对比 | 读长较长，能进行8～20Kb Paired-End文库的高质量双末端测序，单一读长的准确性超过99.5%，但错误有固定模式。从精细图到完成图，Gap Closing成功率高。 | 通量高，价格低，碱基错误率为1.5%，且错误有明显倾向。 |
| 缺点对比 | 连续单碱基重复区容易发生碱基移码错误 | 读长短，不利于拼接，从精细图到完成图，Gap Closing成功率低 |
| 总费用 | 高 | 低 |
2. 合作伙伴如何获得测序结果？
项目结束后，我们会将结题报告和测序数据上传到公司服务器上，您可以通过FTP进行下载。同时，我们会将数据以光盘的形式快递给您。
3. 对于GC含量过高或过低的基因组，能否通过测序达到相应组装标准？
当GC含量大于65%或者小于35%时，测序和组装难度均增加，我们会使用454进行长序列测序，再使用Illumina Solexa进行短序列高覆盖测序，以最大程度的获得序列信息。
4. 重复序列是否影响数据拼接？
重复序列会对数据拼接造成一定影响。通过构建不同梯度的Paired-End文库并进行454测序，可以对重复序列引起的错拼进行校正。当前的拼接软件所采用的算法在一定程度上也会减少重复序列造成的错拼。
5. 细菌基因组测序的最佳策略是什么？
美吉生物基于大量的测序经验及对各种测序方法优劣势的充分理解，推出了ABI3730xl + Roche 454 + Illumina Solexa全基因组测序三合一最优解决方案，使1+1+1>3成为可能！
Roche 454的双末端序列de novo拼接效果极佳，解决了Illumina Solexa长距离双末端序列无法进行独立拼接的瓶颈。两种测序方法优势互补，大大减少了基因组上因特异结构造成的无法测序区的数量。两种测序方法相互印证，所有位点均由两种完全不同的测序方法得到，解决了单一测序方法SNP正确性无法验证的弊端。另外，Roche 454新的双末端技术已经能跨越原核基因组上绝大部分的gap，使得原核全基因组测序正式进入了一体成型阶段。
编辑: helen
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