真菌基因组测序
常见问题及解答：
1. 哪些因素会对测序结果产生影响？
DNA的纯度对测序结果会有巨大的影响，所以请尽量保证DNA的纯度。另外，基因组的GC含量高也会影响测序结果的质量。
2. 如何制定de novo真菌基因组测序的策略？
真菌基因组的重复序列、GC含量、染色体数目等是影响基因组de novo拼装效果的关键因素，其中重复序列常常会导致基因组的错误组装。为了尽量避免重复序列的影响，在进行de novo真菌基因组测序时，可构建多种不同长度插入片段的文库，进行测序和拼接，以跨越不同长度的重复序列。另外，在基因组拼接时，由于不同物种基因组的重复序列结构分布不同，采取的拼接策略也会略有不同。
3. 如何对真菌基因组重复序列结构进行估算？
一般系统发育相近的物种，它们的重复序列结构也比较相近，所以可参照近缘物种基因中的重复序列结构情况对待测真菌基因组重复序列结构进行估算。
4. 常用的拼接算法和软件主要有哪些？
目前，人们已开发了多种基于新一代测序的基因组de novo拼接软件，主要可以分为两类：① 基于overlap graph的拼接软件，包括Celera Assembler、Arachne、CAP、PCAP等；② 基于de bruijn graph的拼接软件，包括SOAPdenovo、Velvet、ALLPATHS、ABySS等。
编辑: helen
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