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基因表达谱分析

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发布日期:2011-08-12 11:25 文章来源:丁香园
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关键词: 专题 高通量 测序 生物   点击次数:

基因表达谱分析直接对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序,研究基因的表达差异情况。与转录组测序相比,基因表达谱测序要求的读长更短,测序通量更小,仅可用于基因表达差异的研究。该方法具有定量准、可重复性高、检测阈值宽、成本低等特点,能很好的替代以往的数字化表达谱分析。
 

技术路线

生物信息分析

1. 基因表达量的检测

2. 差异表达基因的检测

3. 新转录本的检测

4. 表达模式聚类分析

5. Gene Ontology(GO)富集显著性分析

6. Pathway富集显著性分析

实验周期

美吉生物从获得合作伙伴样品、文库制备、高通量测序到数据分析,一般控制在30到40个工作日内完成。

送样要求

1. 动物、植物、微生物

1) 请提供总量大于5g的新鲜样品;植物材料应尽量选取幼嫩部位,避免过老的组织。

2) 采样后将样品立即用液氮速冻,保存于-80℃(保存期不超过1个月),送样时使用干冰运输(不超过72h)。

3) 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。

4) 样品保存期间切忌反复冻融。

5) 样品质量合格与否的判断标准:RNA提取后经变性电泳,各RNA条带清晰,比例适中,完整性好,无降解。

6) 请填写完整的送样订单,并提供尽量详细的物种基因组背景资料信息,如基因组大小,基因平均长度,预计表达的基因数量等。

2. RNA

1) 请提供OD260/280介于1.8~2.2之间,浓度≥1μg/μl,总量≥40μg的总RNA,并确保RNA无降解,无污染;或提供浓度≥50ng/μl,总量≥400ng的mRNA。

2) 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。

3) 样品保存期间切忌反复冻融。

4) 送样时使用干冰运输。

5) 质检以我方电泳胶图、紫外分析仪定量为准。

6) 请填写完整的送样订单,并提供RNA电泳检测照片,用自封袋密封后随同样品一起送样。

3. 双链cDNA

1) 请按照美吉生物提供的cDNA 454文库构建流程进行文库构建,去除文库中的Poly A。

2) 总量>2μg,浓度>50ng/μl,OD260/280在1.8左右。

3) 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。

4) 样品保存期间切忌反复冻融。

5) 送样时使用干冰或冰袋运输。

6) 请填写完整的送样订单,并提供cDNA电泳检测照片,用自封袋密封后随同样品一起送样。

了解更多内容,请点击:http://www.majorbio.com/Products/GeneExpressionProfile 

编辑: helen

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