细菌基因组测序
随着细菌基因组研究的迅速发展，全基因组测序已逐步成为微生物基础研究的重要手段之一。截至2010年11月，全世界已发布了1748个细菌基因组、61个真菌基因组和103个古细菌基因组序列。新一代高通量测序技术大大减少了基因组测序的成本和时间，让更多实验室可以开展微生物基因组测序项目。
根据不同的研究目的和测序要求，细菌基因组测序可分为四种类型：细菌基因组Scanning、细菌基因组框架图、细菌基因组精细图和细菌基因组完成图。美吉生物灵活应用Roche 454长片段测序、Illumina Solexa短片段高覆盖测序，结合454双末端测序（Paired-End Sequencing）及Solexa末端配对测序（Mate-Pair Sequencing，MP）技术，针对不同的基因组测序类型，提供专业、合理、高性价比的测序服务。
细菌基因组Scanning
细菌基因组Scanning采用Illumina 测序技术，对基因组进行50×低深度测序，根据序列组装结果，以获取基因组序列的基本信息。
1) 技术路线
2) 技术指标
测序数据量达到基因组大小的50倍。
3) 生物信息分析
1) 原始数据统计
2) 基因组GC含量统计
3) 序列组装
4) 基本基因功能注释
4) 实验周期
美吉生物从获得合作伙伴样品、高通量测序到数据分析，一般控制在30到40个工作日内完成。
细菌基因组框架图
细菌基因组框架图采用Illumina短片段测序技术和末端配对测序（MP）技术，对基因组进行100×深度测序。MP测序数据用来确定Contigs之间的排列关系，结合100×测序深度，可以得到较佳的基因组拼接结果和较高的基因区覆盖度，为随后的基因组信息挖掘提供良好基础。
1. 技术路线
2. 技术指标
基因组覆盖度大于95%，基因区覆盖度达到98%以上，单碱基错误率低于十万分之一。
3. 生物信息分析
1) 原始数据统计
2) 序列组装
3) 基因预测
4) 常规基因功能注释
4. 实验周期
美吉生物从获得合作伙伴样品、高通量测序到数据分析，一般控制在30到40个工作日内完成。
细菌基因组精细图
为了避免单个平台的测序偏向性以及短片段造成的基因组组装错误，细菌基因组精细图采用Roche 454长片段双末端测序技术（Paired-End）搭建基因组框架，然后进行Illumina 短片段高覆盖测序（100×），将短片段序列mapping到基因组框架中，即可获得高质量的基因组精细图。在此基础上，可以借助ABI3730xl测序平台对整个基因组或其中的某一区域进行Gap Closing。
1. 技术路线
2. 生物信息分析
1. 原始数据统计
2. 序列组装
3. 基因预测
4. 基因功能注释
3. 实验周期
美吉生物从获得合作伙伴样品、高通量测序到数据分析，一般控制在30到40个工作日内完成。
细菌基因组完成图
细菌基因组完成图采用Roche 454长片段双末端测序技术（Paired-End）搭建基因组框架，然后进行Illumina 短片段高覆盖测序（100×），将短片段序列mapping到基因组框架中，获得基因组精细图，再借助ABI3730xl测序平台对整个基因组进行Gap Closing，即可得到基因组完成图。
1. 技术路线
2. 生物信息分析
★ 基因组序列拼接
原始数据统计、基因组覆盖度计算、Contigs长度分布等。
★ 基因注释
编码基因预测，基因功能注释（NR、Swissprot、Interpro等）、Non-coding RNA注释、重复序列注释等。
★ 基因功能分类
COG功能分类、KEGG通路分析等。
★ 比较基因组及进化分析
与近源物种的基因组序列对比，进行SNP、SV等变异结构检测、pan-genome和core-genome组成分析、同源基因分析、进化分析等。
3. 实验周期
美吉生物从获得合作伙伴样品、高通量测序到数据分析，一般控制在3到6个月内完成。由于不同细菌基因组之间序列差异较大，基因组完成图的难度也各不相同。具体完成时间视细菌基因组中的重复序列、GC含量等复杂结构而定。
成功案例
美吉生物已成功完成细菌精细图26例和细菌完成图15例。部分完成图数据如下：
| 细菌名称 | 双歧杆菌 | 芽孢杆菌 | 某海洋菌 | 链霉菌 | 单胞菌 |
| 基因组大小 | 2.1Mb | 4Mb | 7.2Mb | 11Mb | 5Mb |
| 基因组复杂度 | 简单 | 中等 | 中等 | 高GC | IS多，部分区域结构复杂 |
| GC含量 | 59% | 46.6% | 34.4% | 71% | 63.9% |
| 测序方法 | 454 Single & Sanger | 454 Single & Sanger | 454 Paired- End & Sanger | 454 Paired- End & Solexa | 454 Paired- End & Solexa |
| Scaffolds（个） | 5 | 37 | 13 | 24 | 17 |
| Contigs（个） | 5 | 37 | 82 | 125 | 47 |
| 精细图周期 | 1个月 | 1个月 | 1个月 | 1个月 | 1个月 |
| 完成图周期 | 1个月 | 1个月 | 2.5个月 | 2个月 | 3个月 |
送样要求
1. 请提供OD值介于1.8～2.0之间，浓度大于30ng/μl，总量大于25μg的微生物基因组DNA，并确保DNA无降解，无污染。
2. 基因组完成图Gap Closing实验需要大量基因组DNA，请提供不少于50μg的样品。
3. 样品保存期间切忌反复冻融。
4. 送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。
5. 送样时使用干冰或冰袋运输。
6. 请填写完整的送样订单并提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随同样品一起送样。
了解更多内容，请点击：http://www.majorbio.com/Products/Bacterial_Genome
编辑: helen
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