真菌基因组测序
真菌属于较低等的真核生物，种类繁多，在自然界中分布广泛。据估计，全世界约有150万种真菌，其中包含许多具有重要的药用价值和食用价值的有益真菌，同时也存在着大量能引发动植物病害的致病菌。因此，合理利用有益真菌，控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明，将为真菌特性的分析提供有用的依据。随着第二代高通量测序技术的成熟，基因组测序成本已大大降低，使得快速而经济的进行真菌基因组测序成为可能，目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。
一、技术路线
1. De novo真菌基因组测序
1) 方案一
为了避免基因组中的重复序列造成的基因组组装错误，真菌基因组精细图采用Roche 454长片段双末端测序技术（Paired-End）搭建基因组框架，然后进行Illumina 短片段高覆盖测序（100×），将短片段序列mapping到基因组框架中，即可获得高质量的基因组精细图。
图 1 De novo 真菌基因组测序技术路线图
2) 方案二
真菌基因组精细图采用构建不同大小DNA插入片段的测序文库，进行Illumina 短片段测序和末端配对测序（Mate-Pair，MP）。当测序数据量达到基因组大小的100×以上时，即可保证基因组组装结果达到精细图的标准。
图 2 De novo 真菌基因组测序技术路线图
2. 真菌基因组重测序
图 3真菌基因组重测序技术路线图
二、生物信息分析
1. De novo真菌基因组测序
1) 基因组序列拼接
原始数据统计、基因组覆盖度计算、组装结果统计等。
2) 基因注释
编码基因预测，基因功能注释（NR、Swiss-Prot、Interpro等）、Non-coding RNA注释、重复序列注释等。
3) 基因功能分类
GO分类、KEGG通路分析等。
4) 比较基因组及进化分析
与近源物种的基因组序列对比，进行SNP、SV等变异结构检测、pan-genome和core-genome组成分析、同源基因分析、进化分析等。
2. 真菌基因组重测序
1) 原始数据统计
2) 短序列mapping至参考基因组
3) 分析mapping区域reads的覆盖度、重复性、覆盖碱基的质量及reads方向
4) SNPs、InDel、CNVs检测
5) 结构变异（SVs）和基因组重排事件分析
三、技术指标
基因组覆盖度大于95%，基因区覆盖度达到98%以上，Scaffold N50大于300Kb，单碱基错误率低于十万分之一。
四、实验周期
1. De novo真菌基因组测序
美吉生物从获得合作伙伴样品到高通量测序，一般控制在40个工作日左右完成。
2. 真菌基因组重测序
美吉生物从获得合作伙伴样品、高通量测序到数据分析，一般控制在40个工作日左右完成。
五、送样要求
1. 请提供浓度≥200ng/μl，OD值介于1.8～2.0之间的DNA，样品浓度越高越好。
2. De novo测序获得精细图，若基因组大小介于10～45Mb之间，需提供至少100μg的DNA，若基因组大小大于45Mb，则需要200μg的DNA。
3. 重测序，DNA总量需≥10μg。
4. 样品采用冰袋或干冰运输，防止DNA降解。
5. 样品能否制备文库，以我们最后的检测结果为准。
6. 请填写完整的送样订单，并提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随同样品一起送样。
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编辑: helen
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