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内参
内参在生物学研究中非常常见。例如RT-PCR或western blot实验中常用表达量稳定的管家基因/蛋白作为评估不同样本之间目标基因或蛋白变化的参考。以western blot为例,如果加药处理前后GAPDH或tublin、actin等基本没有变化,而目标蛋白表达变化明显,则说明“加药”过程中目标蛋白的表达受到影响。内参的引入可以排除上样量不同或样本处理过程中的偏差导致的可能误差···
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新的肿瘤早期诊断biomarker
MicroRNAs(miRNAs)是一类进化上高度保守的单链RNA,通常长度在22nt左右。胞浆中成熟的miRNA与多种蛋白共同形成miRNA诱导的沉默复合体(miRNA-induced silencing complex, miRICS)结合于靶mRNA的3'-UTR区域,阻遏翻译甚至直接降解mRNA,抑制基因表达。在肿瘤发生和发展中,miRNA表达谱发生改变,抑制肿瘤的miRNAs(tumor suppressor miRNA,TSmiRs)减少,而促进肿瘤的miRNA(oncogenic miRNAs,oncomiRs)过表达。不同的肿瘤 miRNA表达谱并不相同,在特定肿瘤细胞中,特定的miRNA上调或下调。早在2002年,Calin GA等发现多数慢性淋巴细胞白血病患者miR-15a和-16a缺失或下调。2003年,Micheal MZ等分析了结肠癌和正常粘膜中28种miRNA的表达情况,发现肿瘤组织中miRNA-143和145显著低于正常组织。之后关于肿瘤组织miRNA表达谱、肿瘤组织和正常组织差异miRNA以及这些miRNA与肿瘤发生、发展和疗效、预后判断等的研究日益增多,也取得了非常有意义的进展。例如2008年Rosenfeld等发表于Nature Biotechnology的文章报道了基于253例不同肿瘤样本的48种miRNA profile结果,根据上述结果对转移灶进行的双盲验证显示,基于miRNA的未知来源转移灶分类的准确性超过了90%!显示miRNA在肿瘤诊断中的巨大应用前景。
目前,肿瘤早期诊断、特别是非侵袭性的肿瘤早期诊断日益受到关注。通过检测血液中的核酸或蛋白,对易感人群进行早期筛查成为目前肿瘤诊断研究的一个热点。同时,通过非侵袭的方法亦有助于进行肿瘤分型、进行个体化治疗并实时跟踪肿瘤治疗效果,判断预后等。作为抗肿瘤研究中的新秀,miRNA在其中的作用日益受到重视。
miRNA的变化是肿瘤发生的早期事件。Pre-microRNA运送到胞浆之后,大部分被Dicer剪切生成成熟的miRNA,行使生物学功能。少部分Pre-miRNA则被多囊体( multivesicular body,MVB)包裹,最终以外排颗粒的形式转运出细胞,进入循环系统。另一种途径是通过与RNA-binding 蛋白(例如nucleophosmin 1,NPM1)等的结合形成核酸-蛋白复合体,pre-miRNA被转运出胞浆进入循环系统,研究显示:血液中90%的miRNA是以核酸-蛋白复合物形式存在的。
作为潜在的biomarker,miRNA具有蛋白marker无法比拟的优势。miRNA稳定性非常好,我们实际工作经验证明,一些“恶劣”条件下,样本mRNA大量降解,但miRNA基本保持完好。例如,较长储藏时间、石蜡标本等。(当然,保存良好的新鲜样本更加理想,也便于进行miRNA与mRNA整合分析)。文献报道认为体液样本(例如血浆中的miRNA)的miRNA的稳定性源于其在血液中以核酸-蛋白复合物形式存在或包被于外排颗粒当中,使miRNA耐受包括反复冻融、较高或较低pH等情况,不易被降解。因此,通过检测血液(以及其它体液)中的miRNA进行肿瘤早期诊断、预后判断以及药物选择、疗效检测等非常可行。表1列举了可能作为biomarker的肿瘤患者血液中特异的miRNA。
目前检测血液中miRNA的技术包括miRNA芯片(高通量)和qPCR等。针对特定miRNA的检测以q-PCR为主。目前,欧易技术平台提供miRNA芯片检测-生物信息学分析-荧光定量PCR验证“一条龙”的差异miRNA筛选和检测技术服务。欧易公司在多年的技术服务中,针对不同样本(包括新鲜组织、细胞样本、冰冻样本以及石蜡标本等)的处理积累了丰富经验;同时,欧易生物还拥有自主知识产权的miRNA引物库,提供针对人,大鼠,小鼠,一千多条经反复验证过的引物,供客户自由选择;针对客户不同需求,我们采用加尾法以及茎环法两种不同实验原理,为您的芯片实验结果提供定量PCR验证,您可根据实验需要自由选择。您只需要提供保存完好的组织(包括石蜡包埋的组织)、细胞、血液、血浆或血清等标本,我们即可针对您提供的miRNA设计探针,进行实时定量PCR实验,最终提供给您完整规范的实验报告,节约您的时间和精力。
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表1 血液中肿瘤biomarker及其临床疾病相关性
编辑: helen