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内参
内参在生物学研究中非常常见。例如RT-PCR或western blot实验中常用表达量稳定的管家基因/蛋白作为评估不同样本之间目标基因或蛋白变化的参考。以western blot为例,如果加药处理前后GAPDH或tublin、actin等基本没有变化,而目标蛋白表达变化明显,则说明“加药”过程中目标蛋白的表达受到影响。内参的引入可以排除上样量不同或样本处理过程中的偏差导致的可能误差···

miRNA研究技术---MicroRNA高通量测序

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发布日期:2011-09-21 16:53 文章来源:欧易生物
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microRNA(microRNA)是一类大小为21-23nt的非编码小RNA分子,通过沉默或降解其靶点mRNA分子调控基因表达。大量研究表明,microRNA在正常发育过程以及疾病发生过程中具有重要的作用,在诊断和治疗领域具有光明的应用前景。然而目前研究microRNA的方法主要是通过实时定量PCR以及基因芯片技术,这些方法主要关注microRNA的表达与定量,并仅局限于研究那些序列信息或二级茎环结构信息已知的microRNA,无法寻找和发现新的microRNA分子。

基于Illumina高通量测序平台的microRNA测序技术突破了目前研究技术手段上的局限性,使研究人员能够直接对样本中指定大小的所有microRNA分子进行高通量测序,在无需任何序列信息的前提下研究microRNA的表达谱并在此基础上发现和鉴定新的microRNA分子,并提供了更加灵活和深入的研究分析方法,这是传统的研究方法所无法比拟的。

技术路线

数据分析

(1) 基本数据分析

数据产出统计:对测序结果进行图像识别(Base calling),去除污染及接头序列;统计结果包括:测定的序列(Reads)长度、Reads数量、数据产量。

(2) 高级数据分析

a) microRNA长度分布统计以验证实验可靠性;

b) microRNA碱基使用偏好性鉴定以检验数据质量;

c) 将测序得到的序列与miRBase14.0,已知rRNA、tRNA、重复区、RefSeq数据库比对,对已知microRNA进行注释;

d) 将测序得到的序列与该物种全基因组序列进行比对分析,通过折叠模型预测新的microRNA;

e) 不同组织microRNA表达谱分析;

f) 组间microRNA差异表达分析;

g) microRNA表达模式聚类分析;

h) microRNA作用靶基因预测

技术特点

(1) 高通量   SOLiDTM系统每次运行产生400M以上的可定位数据;

(2) 高灵敏度    可以检测单个细胞中一个拷贝的microRNA;

(3) 高精度    可以检测microRNA单个碱基的差异;

(4) 不受先验信息的干扰   既能鉴定已知microRNA,又有能力发现新的microRNA;

样品要求 

(1)样品纯度要求: OD值应在1.8至2.2之间;电泳检测28S:18S至少大于1.5。

(2)样品浓度: total RNA浓度不低于750ng/ul;样品总量不低于40ug(Small RNA: total RNA大于0.3%)。或提供浓度大于2ng/ul,总量大于180ng的Small RNA样品。

(3)请提供Small RNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上QC数据,包括电泳胶图、分光光度或Nanodrop仪器检测数据。如需进行多次样品制备,需要提供多次样品制备所需样品。

编辑: helen

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