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内参
内参在生物学研究中非常常见。例如RT-PCR或western blot实验中常用表达量稳定的管家基因/蛋白作为评估不同样本之间目标基因或蛋白变化的参考。以western blot为例,如果加药处理前后GAPDH或tublin、actin等基本没有变化,而目标蛋白表达变化明显,则说明“加药”过程中目标蛋白的表达受到影响。内参的引入可以排除上样量不同或样本处理过程中的偏差导致的可能误差···

miRNA研究技术---MicroRNA芯片及生物信息学分析

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发布日期:2011-09-21 17:16 文章来源:欧易生物
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microRNAs(miRNAs)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子RNA,是由具有发夹结构的约70—90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(双链)但是和siRNA密切相关。microRNA通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达(最新发现microRNA也能在转录水平调控基因表达)。microRNA在物种进化中相当保守,在动物、植物和真菌等中发现的microRNAs表达均有严格的组织特异性和时序性。microRNA在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。2011年4月27日,Sanger microRNA序列数据库(miRBase)升级至17.0版。在新版本中,发夹前体序列升至16769条,新增1597条;成熟miR和miR*产物共19724条,新增2383条;新版本报道序列共涵盖153个物种。目前已公布的人成熟microRNA为1711个,还有大量预测的microRNA基因需要通过实验验证。

上海欧易生物科技有限公司多年致力于RNA相关的技术服务,拥有广泛的客户基础,已拥有Agilent公司全套硬件设施和软件支撑,并拥有一支多年致力于Aglient产品技术和服务的专业队伍,我们将竭尽所能,与Agilent专业团队一起满足广大国内科研客户的个性需求,提供满意的解决方案,共同提升客户的科研效率和科研质量。

Agilent miRNA芯片技术服务

作为miRNA芯片的后起之秀,Agilent miRNA芯片自上市之初就受到业界广泛关注,上市以年来,其优异的性能指标更是获得科研工作者的广泛认可,稳占国内市场应用第一名。欧易公司应用agilent miRNA芯片技术平台,为您的科研提供服务。产品包括人miRNA芯片、小鼠miRNA芯片、大鼠miRNA芯片,芯片探针序列来源可以与Sanger miRBASE同步更新。

整套技术路线

产品特点

备注:agilent miRNA芯片序列来源可以与Sanger miRBASE同步更新,购买时请注意版本号

数据分析

miRNA-mRNA整合分析

如果客户拥有同样样本的miRNA数据以及mRNA数据结果,可以进行miRNA-mRNA整合分析。内容包括(1)对原始数据进行标准化等预处理;(2)miRNA-miRNA表达相关性分析:通过计算miRNA之间的皮尔森相关系数来识别功能相关的miRNA,表达一致的miRNA可能属于同一个miRNA簇,并且共同发生转录;(3)miRNA-靶mRNA表达相关性:基于miRNA与靶mRNA的负调控关系,利用靶点预测算法,整合miRNA-mRNA表达谱,计算miRNA-靶mRNA对的相关性;(4)筛选重要的miRNA-靶mRNA对:通过设定相关显著性阈值,筛选出表达显著相关的miRNA-mRNA关系对,利用共表达构建网络;(5)miRNA功能推导:利用成熟的mRNA的功能来推断miRNA的功能,对异常表达miRNA靶向的mRNA进行功能注释,从而得到异常miRNA在癌症过程中所参与的生物学过程。

个性化数据分析

按照客户的要求和课题的特殊要求进行个性化数据分析

样品准备

a. 实验对象为组织样品,取适量(50-100mg)新鲜组织样品或正确保存的组织样品,冰冻粉碎组织,加1ml的RNA抽提试剂Trizol,匀浆后抽提RNA。

b. 实验对象为细胞样品,每份样品取1×107~1×108细胞,加1ml的RNA抽提试剂Trizol,样品为贴壁细胞,每10cm2培养皿Trizol使用量为1ml,裂解后抽提RNA。

Agilent miRNA芯片产品目录

物种

服务名称

产品描述

人 Human

Agilent Human miRNA V16.0

可检测1347个人成熟miRNA,其中包括人病毒miRNA142个,信息来源于Sanger miRBase V16.0

小鼠 Mouse

Agilent Mouse miRNA V16.0

可检测1080个小鼠成熟miRNA,其中包括小鼠病毒miRNA57个,信息来源于Sanger miRBase V16.0

大鼠 Rat

Agilent Rat miRNA V16.0

可检测677个大鼠成熟miRNA,信息来源于Sanger miRBase V16.0

其他物种miRNA定制芯片服务

对于Sanger数据库里的miRNA (Sanger miRBase 最新版本),我们可以根据您的需求,自由组合,定制8×15K的miRNA芯片。

 

 

欧易优势

★ 拥有标准化操作实验室和Agilent芯片技术平台,可以根据客户要求灵活安排实验,实验周期短,质量可靠。

★ 技术人员经验丰富,可以根据客户要求在第一时间提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果。

★ 拥有专业的生物信息团队和大型计算机,可以为客户提供个性化的生物信息分析服务。

台湾华联 miRNA芯片技术服务

另外,为满足不同层面的客户需求,2010年伊始欧易生物作为华联生物科技公司大陆地区的深度合作伙伴和华东区总代理,为了更好地服务大陆地区客户,率先推出“原厂生产、原厂服务”的服务理念,为您提供华联生物科技高密度基因组芯片及全程技术服务。OneArray? miRNA 芯片为台湾华联生物技术公司研发的一款miRNA芯片产品,经过多方测试比较,其性能与国际知名大厂生产的芯片结果无论精度还是检出率均相差无几,并且与其他全检测方法例如定量PCR具有很好的相关性。其芯片包含最新数据17.0版本人类miRNA芯片(Human miRNA OneArray?)和17.0版本小鼠 & 大鼠全基因体芯片(Mouse & Rat miRNA OneArray?)并提供样品检测服务及芯片数据分析等服务。您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,欧易生物的芯片技术服务人员和华联台湾总部的技术专家就可为您完成全部实验操作,并为您提供包括实验方法、实验数据与图表的详细实验报告。让您花同样的经费,做更多的实验。

华联miRNA芯片产品目录

产品

探针数

对应的miRNA数

控制探针数

探针

重复数

参考资料库

Human miRNA OneArray® v3

1711

1732

105

3

Sanger miRBase v17

 

Mouse&Rat miRNA OneArray® v3

Mouse

1080

Rat

680

 

1111

 

672

 

105

 

3

 

Sanger miRBase v17

Model Plant miRNA OneArray® v3

1022

1817

5

3

Sanger miRBase v17 

华联芯片优势

  Phalanx Slide? 专利片基处理技术

  高速的PhalanxArray探针布放技术

    先进的PhalanxJetTM 专利点样技术

  严谨的检测探针和控制探针设计

编辑: helen

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